Η βασική διαφορά μεταξύ διατηρημένης και συναινετικής αλληλουχίας είναι ότι η διατηρημένη αλληλουχία αναφέρεται σε παρόμοιες αλληλουχίες νουκλεϊκών οξέων ή αμινοξέων που εμφανίζονται σε διαφορετικά ή ίδια είδη κατά τη διάρκεια των γενεών, ενώ η συναινετική αλληλουχία είναι μια ακολουθία νουκλεοτιδίων ή αλληλουχία αμινοξέων που απαντάται συχνά σε μια εξαιρετικά διατηρημένη περιοχή DNA ή RNA ή πρωτεΐνης.
Οι οργανισμοί έχουν παρόμοια αλλά και διαφορετικά χαρακτηριστικά. Κατά τη μελέτη των σχέσεων μεταξύ των οργανισμών και την ταξινόμηση τους, το γονιδίωμα ή η γενετική σύνθεση των οργανισμών είναι πολύ σημαντικό. Υπάρχουν κάποιες αλληλουχίες νουκλεοτιδίων ή αμινοξέων που είναι κοινές μεταξύ διαφορετικών οργανισμών. Μια διατηρημένη αλληλουχία είναι μια αλληλουχία νουκλεϊκού οξέος ή αμινοξέος που είναι συνεπής μεταξύ των ειδών. Ως εκ τούτου, είναι φυλογενετικά σημαντικά όταν δημιουργούνται φυλογενετικά δέντρα. Σε διατηρημένες αλληλουχίες, υπάρχουν ειδικές αλληλουχίες νουκλεοτιδίων που βρίσκονται πιο συχνά. Είναι γνωστές ως συναινετικές ακολουθίες.
Τι είναι Διατηρημένη Ακολουθία;
Μια διατηρημένη αλληλουχία είναι μια αλληλουχία νουκλεϊκού οξέος ή αλληλουχία αμινοξέων που είναι παρόμοια μεταξύ των ειδών. Επομένως, είναι συνεπής σε όλα τα είδη σε όλη την εξέλιξη. Γενικά, αυτές οι αλληλουχίες διατηρούνται με φυσική επιλογή. Παραμένουν αμετάβλητα πολύ πίσω από το φυλογενετικό δέντρο. Ως εκ τούτου, οι διατηρημένες αλληλουχίες είναι σημαντικές για την κατασκευή φυλογενετικών δέντρων. Πιστεύεται ότι οι εξαιρετικά διατηρημένες αλληλουχίες έχουν συχνά μια σημαντική λειτουργική αξία. Είναι χρήσιμα και στον εντοπισμό γενετικών ασθενειών. Ωστόσο, οι διατηρημένες αλληλουχίες μπορεί να είναι κωδικεύουσες ή μη κωδικοποιητικές αλληλουχίες νουκλεϊκών οξέων. Επιπλέον, οι διατηρημένες αλληλουχίες δείχνουν πιο αργούς ρυθμούς μετάλλαξης. Ως εκ τούτου, παρουσιάζουν ελάχιστες αλλαγές στη σύνθεσή τους. μερικές φορές, δεν παρουσιάζουν αλλαγές σε όλες τις γενιές.
Εικόνα 01: Διατηρημένη ακολουθία
Τα συστατικά RNA των ριβοσωμάτων υπάρχουν σε όλους τους τομείς της ζωής, οι αλληλουχίες homeobox στους ευκαρυώτες και το tmRNA στα βακτήρια είναι αρκετά παραδείγματα υψηλά διατηρημένων αλληλουχιών. Η αναγνώριση των διατηρημένων αλληλουχιών είναι εύκολη όταν χρησιμοποιούνται προσεγγίσεις βιοπληροφορικής, ειδικά το εργαλείο ευθυγράμμισης αλληλουχιών. Επιπλέον, η στοίχιση πολλαπλών ακολουθιών διευκολύνει την οπτικοποίηση των διατηρημένων ακολουθιών.
Τι είναι η Consensus Sequence;
Μια συναινετική αλληλουχία είναι μια αλληλουχία που βρίσκεται συνήθως σε μια δεδομένη διατηρημένη περιοχή DNA ή RNA. Είναι μια πολύ συγκεκριμένη αλληλουχία νουκλεοτιδίων. Για παράδειγμα, υπάρχει μια συναινετική αλληλουχία στο -10 ως ΤΑΤΑΑΤ (πλαίσιο Pribnow) σε προαγωγείς Ε. coli, οι οποίοι είναι σε μεγάλο βαθμό διατηρημένες αλληλουχίες. Ομοίως, υπάρχει μια άλλη συναινετική αλληλουχία: TTGACA σε προαγωγείς E. coli στους -35 επίσης. Οι αλληλουχίες συναίνεσης είναι επίσης γνωστές ως "κουτιά".
Εικόνα 02: Συναινετική ακολουθία
Εκτός από το DNA και το RNA, οι πρωτεΐνες έχουν επίσης συναινετικές αλληλουχίες αμινοξέων. Οι θέσεις δέσμευσης πρωτεΐνης αντιπροσωπεύονται συχνά από συναινετικές αλληλουχίες. Τα ένζυμα περιορισμού έχουν επίσης συναινετικές αλληλουχίες. Επιπλέον, οι θέσεις ματίσματος είναι επίσης συναινετικές αλληλουχίες. Παρόμοια με τις διατηρημένες αλληλουχίες, οι συναινετικές αλληλουχίες μπορούν να υπολογιστούν και να οπτικοποιηθούν με εργαλεία βιοπληροφορικής.
Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ διατηρημένης και συναινετικής ακολουθίας;
- Οι διατηρημένες και συναινετικές αλληλουχίες είναι αλληλουχίες νουκλεϊκών οξέων ή αμινοξέων που είναι κοινές μεταξύ των ειδών.
- Τόσο οι διατηρημένες όσο και οι συναινετικές αλληλουχίες μπορούν να απεικονιστούν με εργαλεία βιοπληροφορικής.
- Χρησιμοποιούνται ευρέως στη μοριακή βιολογία.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ διατηρημένης και συναινετικής ακολουθίας;
Η διατηρημένη αλληλουχία είναι μια αλληλουχία νουκλεϊκού οξέος ή αμινοξέος που είναι συνεπής μεταξύ των ειδών, ενώ οι συναινετικές αλληλουχίες είναι πολύ συγκεκριμένες και ευρίσκονται συνήθως βάσεις ή αμινοξέα σε μια δεδομένη διατηρημένη περιοχή. Έτσι, αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ διατηρημένης και συναινετικής ακολουθίας. Επιπλέον, μια άλλη διαφορά μεταξύ διατηρημένης και συναινετικής αλληλουχίας είναι ότι οι διατηρημένες αλληλουχίες είναι φυλογενετικά σημαντικές, ενώ οι συναινετικές αλληλουχίες είναι συχνά θέσεις δέσμευσης πρωτεΐνης, θέσεις ματίσματος, θέσεις κοπής περιοριστικών ενζύμων κ.λπ.
Σύνοψη – Ακολουθία Διατήρησης έναντι Συναίνεσης
Οι διατηρημένες αλληλουχίες είναι οι αλληλουχίες νουκλεϊκών οξέων ή πρωτεϊνών που είναι παρόμοιες μεταξύ των ζωντανών ειδών. Ένας προαγωγέας, μια θέση δέσμευσης ριβοσώματος, μια αρχή αντιγραφής και μια αλληλουχία αμινοξέων πρωτεΐνης ιστόνης είναι αρκετά παραδείγματα διατηρημένων αλληλουχιών. Αντίθετα, οι συναινετικές αλληλουχίες είναι συγκεκριμένες βάσεις ή αμινοξέα που βρίσκονται πιο συχνά σε μια δεδομένη διατηρημένη αλληλουχία. -10 κουτί, -35 κουτί προαγωγέα Ε. coli, θέσεις δέσμευσης πρωτεΐνης, θέσεις ματίσματος και θέσεις αναγνώρισης περιοριστικών ενζύμων είναι αρκετά παραδείγματα συναινετικών αλληλουχιών. Επομένως, αυτή είναι η περίληψη της διαφοράς μεταξύ διατηρημένης και συναινετικής ακολουθίας.
