Η βασική διαφορά μεταξύ της χρώσης Coomassie και της χρώσης αργύρου είναι ότι η χρώση coomassie είναι μια τεχνική χρώσης πρωτεϊνών που χρησιμοποιεί μια λαμπρό μπλε χρώση coomassie, ενώ η χρώση με λωρίδες είναι μια τεχνική χρώσης πρωτεΐνης που χρησιμοποιεί χρώση ασημιού.
Ο διαχωρισμός και η ταυτοποίηση πρωτεϊνών είναι κρίσιμα βήματα στην ανάλυση πρωτεϊνών. Χρειάζονται χαρακτηρισμό πρωτεΐνης υψηλής ανάλυσης μετά από ηλεκτροφόρηση γέλης. Υπάρχουν πολλές τεχνικές χρώσης που περιλαμβάνουν διαφορετικές βαφές όπως ανιονικές βαφές (coomassie brilliant blue), μεταλλικά κατιόντα (ιμιδαζόλη-ψευδάργυρος), χρώση αργύρου και φθορίζουσες βαφές, κ.λπ. Μερικές φορές, μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν ραδιενεργοί ανιχνευτές. Η επιλογή της τεχνικής χρώσης εξαρτάται από την απλότητα, τη διαθεσιμότητα του εξοπλισμού απεικόνισης στο εργαστήριο κ.λπ.
Τι είναι η χρώση Coomassie;
Η χρώση Coomassie είναι μια τεχνική χρώσης πρωτεϊνών που χρησιμοποιεί μια μπλέ χρώση coomassie brilliant. Γενικά ονομάζεται τεχνική coomassie blue. Το Coomassie brilliant blue είναι η πιο δημοφιλής ανιονική πρωτεϊνική βαφή. Αυτή η χρώση συνήθως λερώνει σχεδόν όλες τις πρωτεΐνες με καλή ποσοτική γραμμικότητα σε μέτρια ευαισθησία. Ο μπλε λεκές Coomassie brilliant συνδέεται μη ειδικά με όλες σχεδόν τις πρωτεΐνες. Υπάρχουν δύο διαφορετικές παραλλαγές coomassie brilliant blue λεκέ: R-250 και G-250. Το R-250 προσφέρει μικρότερους χρόνους χρώσης, ενώ το G-250 διατίθεται σε πιο ευαίσθητες και φιλικές προς το περιβάλλον συνθέσεις.
Εικόνα 01: Χρώση Coomassie
Οι βαφές Coomassie είναι πολύ δημοφιλείς σε μελέτες φασματομετρίας μάζας και σε μελέτες ταυτοποίησης πρωτεϊνών. Επιπλέον, το bio-safe coomassie stain είναι μια μη επικίνδυνη σύνθεση του coomassie blue G-250 που διατίθεται επί του παρόντος στην αγορά. Το πλεονέκτημα αυτού του σκευάσματος είναι ότι απαιτεί μόνο νερό για ξέπλυμα και αποχρωματισμό. Ο βιοασφαλής λεκές coomassie προσφέρει ευαισθησία ισοδύναμη με το συμβατικό coomassie blue G-250 αλλά καλύτερη από το coomassie stain R-250. Επιπλέον, έχει απλούστερο και ταχύτερο πρωτόκολλο χρώσης από το συμβατικό Coomassie blue G-250. Το μειονέκτημα της χρώσης μπλε coomassie είναι ότι είναι λιγότερο ευαίσθητη σε σύγκριση με τη χρώση αργύρου. Η χρώση μπλε Coomassie είναι περίπου 50 φορές λιγότερο ευαίσθητη από τη χρώση αργύρου. Ωστόσο, λόγω της απλότητάς του στο δέσιμο, προτιμάται σε πολλές μελέτες.
Τι είναι η χρώση αργύρου;
Η χρώση αργύρου είναι μια τεχνική χρώσης πρωτεϊνών που χρησιμοποιεί χρώση αργύρου. Η χρώση αργύρου χρησιμοποιείται για τη χρώση πηκτωμάτων αγαρόζης και πολυακρυλαμιδίου. Η χρώση με άργυρο της πρωτεΐνης σε γέλες αγαρόζης αναπτύχθηκε για πρώτη φορά το 1973 από τους Kerenyi και Gallyas. Αργότερα, προσαρμόστηκε για πρωτεΐνες σε πηκτώματα πολυακρυλαμιδίου που χρησιμοποιούνται στο SDS-PAGE. Επί του παρόντος, η χρώση αργύρου χρησιμοποιείται επίσης για τη χρώση DNA ή RNA. Προκειμένου να λεκιαστούν τα πηκτώματα, τα πηκτώματα επωάζονται με διάλυμα νιτρικού αργύρου σε αυτή τη μέθοδο. Η χρώση με ασήμι λερώνει τα σημεία όπου υπάρχουν πρωτεΐνες από καφέ έως μαύρο.
Εικόνα 02: Χρώση αργύρου
Η ένταση της χρώσης αργύρου εξαρτάται από την πρωτογενή δομή της πρωτεΐνης. Επιπλέον, η καθαρότητα των χρησιμοποιούμενων δοχείων και η καθαρότητα των αντιδραστηρίων μπορούν επίσης να επηρεάσουν την ποιότητα της χρώσης αργύρου. Ωστόσο, το μειονέκτημα της χρώσης αργύρου είναι ότι δεν μπορεί να ανιχνεύσει όλες τις πρωτεΐνες, ειδικά τις γλυκοπρωτεΐνες και τις πρωτεΐνες με μεγάλες τροποποιημένες ομάδες συνδεδεμένες στις πλευρικές τους αλυσίδες.
Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ Coomassie και χρώσης αργύρου;
- Coomassie και χρώση αργύρου είναι δύο τεχνικές που χρησιμοποιούνται στη χρώση πρωτεϊνών.
- Μπορούν να χρωματίσουν τόσο πρωτεΐνες όσο και DNA.
- Και οι δύο τεχνικές χρώσης έχουν μειονεκτήματα.
- Αυτές οι τεχνικές έχουν παρόμοια βήματα, όπως στερέωση, χρώση και απολέκωση.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ Coomassie και χρώσης αργύρου;
Η χρώση Coomassie είναι μια τεχνική χρώσης πρωτεΐνης που χρησιμοποιεί coomassie brilliant blue χρώση, ενώ η χρώση με λωρίδες είναι μια τεχνική χρώσης πρωτεΐνης που χρησιμοποιεί χρώση αργύρου. Έτσι, αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ Coomassie και χρώσης αργύρου. Επιπλέον, η χρώση Coomassie είναι λιγότερο ευαίσθητη από τη χρώση αργύρου.
Το παρακάτω infographic παραθέτει τις διαφορές μεταξύ Coomassie και χρώσης αργύρου σε μορφή πίνακα για σύγκριση δίπλα-δίπλα.
Σύνοψη – Coomassie vs Silver Staining
Για να οπτικοποιηθούν οι πρωτεΐνες, μπορεί να πραγματοποιηθεί μια ειδική για πρωτεΐνη χημική αντίδραση δέσμευσης βαφής ή παραγωγής χρώματος. Αυτό ονομάζεται χρώση πρωτεΐνης. Η χρώση Coomassie και η χρώση αργύρου είναι δύο τεχνικές που χρησιμοποιούνται στη χρώση πρωτεϊνών. Η τεχνική χρώσης Coomassie χρησιμοποιεί μπλε λεκέ coomassie brilliant ενώ η χρώση με λωρίδες χρησιμοποιεί χρώση αργύρου. Αυτή είναι λοιπόν η βασική διαφορά μεταξύ του Coomassie και της χρώσης αργύρου.
