Η βασική διαφορά μεταξύ ομοιότητας και ταυτότητας στη στοίχιση ακολουθιών είναι ότι η ομοιότητα είναι η ομοιότητα (ομοιότητα) μεταξύ δύο ακολουθιών σε σύγκριση, ενώ η ταυτότητα είναι ο αριθμός των χαρακτήρων που ταιριάζουν ακριβώς μεταξύ δύο διαφορετικών ακολουθιών.
Η βιοπληροφορική είναι ένας διεπιστημονικός τομέας της επιστήμης που περιλαμβάνει κυρίως τη μοριακή βιολογία και τη γενετική, την επιστήμη των υπολογιστών, τα μαθηματικά και τη στατιστική. Η στοίχιση αλληλουχίας είναι ένας σημαντικός όρος στη βιοπληροφορική. Είναι η διαδικασία κατά την οποία οι αλληλουχίες του DNA, του RNA ή της πρωτεΐνης διατάσσονται για να αναγνωρίσουν περιοχές ομοιότητας που είναι συνέπεια λειτουργικής, δομικής ή εξελικτικής σχέσης μεταξύ των αλληλουχιών. Στο τέλος της στοίχισης, θα παρουσιαστούν ως σειρές μέσα σε έναν πίνακα. Προκειμένου να ευθυγραμμιστούν οι ίδιοι χαρακτήρες σε διαδοχικές στήλες, υπάρχουν κενά μεταξύ των υπολειμμάτων.
Τι είναι η Ομοιότητα;
Ομοιότητα στη στοίχιση ακολουθιών είναι η ομοιότητα μεταξύ δύο αλληλουχιών όταν συγκρίνονται. Αυτό το γεγονός εξαρτάται από την ταυτότητα των ακολουθιών. Η ομοιότητα απεικονίζει τον βαθμό στον οποίο τα υπολείμματα είναι ευθυγραμμισμένα. Ως εκ τούτου, παρόμοιες ακολουθίες περιέχουν παρόμοιες ιδιότητες. Στη βιοπληροφορική, η ομοιότητα είναι ένα εργαλείο για την αξιολόγηση της ομοιότητας μεταξύ δύο πρωτεϊνών.
Εικόνα 01: Ομοιότητα στη στοίχιση ακολουθίας
Υπάρχουν δύο βασικά βήματα για τη διαδικασία ευθυγράμμισης αλληλουχίας. Το αρχικό βήμα είναι η στοίχιση ανά ζεύγος, η οποία βοηθά στην εύρεση της βέλτιστης ευθυγράμμισης μεταξύ δύο ακολουθιών (συμπεριλαμβανομένων των κενών) χρησιμοποιώντας αλγόριθμους όπως BLAST, FastA και LALIGN. Ο αλγόριθμος αντιστοίχισης βρίσκει τον ελάχιστο αριθμό πράξεων επεξεργασίας. in-dels και αντικαταστάσεις προκειμένου να ευθυγραμμιστεί η μία ακολουθία με την άλλη ακολουθία. Μετά τη στοίχιση ανά ζεύγος, είναι απαραίτητο να ληφθούν δύο ποσοτικές παράμετροι από κάθε σύγκριση ανά ζεύγος. Είναι ταυτότητα και ομοιότητα.
Τι είναι η Ταυτότητα;
Ταυτότητα στη στοίχιση ακολουθίας είναι ο αριθμός των χαρακτήρων που ταιριάζουν ακριβώς μεταξύ δύο διαφορετικών ακολουθιών. Ως εκ τούτου, τα κενά δεν υπολογίζονται κατά την αξιολόγηση της ταυτότητας. Η μέτρηση θεωρείται ότι σχετίζεται με τη μικρότερη αλληλουχία μεταξύ των δύο αλληλουχιών. Σημαίνει σημαντικά ότι έχει το αποτέλεσμα όπου η ταυτότητα της ακολουθίας δεν είναι μεταβατική. Εάν X=Y και Y=Z, τότε το X δεν είναι απαραίτητα ίσο με το Z. Αυτό συνάγεται με βάση το μέτρο της απόστασης ταυτότητας.
Εικόνα 02: Ταυτότητα στη στοίχιση ακολουθίας
Για παράδειγμα, το X έχει μια ακολουθία AAGGCTT, το Υ έχει μια ακολουθία AAGGC και το Ζ έχει μια ακολουθία AAGGCAT. Η ταυτότητα μεταξύ Χ και Υ είναι 100% {5 πανομοιότυπα νουκλεοτίδια / λεπτό[μήκος(Χ), μήκος(Υ)]}. Η ταυτότητα μεταξύ Υ και Ζ είναι επίσης 100%. Αλλά η ταυτότητα μεταξύ Χ και Ζ είναι μόνο 85% {(6 πανομοιότυπα νουκλεοτίδια / 7)}.
Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ της ομοιότητας και της ταυτότητας στη στοίχιση ακολουθίας;
- Τόσο η ομοιότητα όσο και η ταυτότητα είναι δύο όροι που χρησιμοποιούμε στη στοίχιση ακολουθίας.
- Επίσης, αναφέρονται στην ομοιότητα μεταξύ των δύο ακολουθιών.
- Επιπλέον, τις εκφράζουμε ως ποσοστιαία τιμή.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ ομοιότητας και ταυτότητας στη στοίχιση ακολουθίας;
Ομοιότητα στη στοίχιση δείχνει την ομοιότητα μεταξύ δύο ακολουθιών όταν συγκρίνονται, ενώ η ταυτότητα στη στοίχιση ακολουθίας δείχνει τον αριθμό των χαρακτήρων που ταιριάζουν ακριβώς μεταξύ δύο διαφορετικών ακολουθιών. Επομένως, αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ ομοιότητας και ταυτότητας στη στοίχιση ακολουθίας.
Σύνοψη – Ομοιότητα vs Ταυτότητα στη στοίχιση ακολουθίας
Η στοίχιση αλληλουχίας βοηθά στον εντοπισμό περιοχών ομοιότητας στο DNA, RNA ή πρωτεΐνη που προέκυψε λόγω λειτουργικής, δομικής ή εξελικτικής σχέσης μεταξύ των αλληλουχιών. Ως εκ τούτου, η ομοιότητα και η ταυτότητα είναι δύο βασικοί όροι στο πλαίσιο της ευθυγράμμισης ακολουθίας. Η βασική διαφορά μεταξύ αυτών των δύο όρων είναι ότι η ομοιότητα είναι η ομοιότητα μεταξύ δύο ακολουθιών σε σύγκριση, ενώ η ταυτότητα είναι ο αριθμός των χαρακτήρων που ταιριάζουν ακριβώς μεταξύ δύο διαφορετικών ακολουθιών. Έτσι, αυτή είναι η περίληψη της διαφοράς μεταξύ ομοιότητας και ταυτότητας στη στοίχιση ακολουθίας.
