Βασική διαφορά – Τζελ στοίβαξης έναντι Τζελ διαχωρισμού
Οι όροι γέλη στοίβαξης και γέλη διαχωρισμού χρησιμοποιούνται για την εξήγηση της τεχνικής SDS-PAGE. Η ηλεκτροφόρηση γέλης SDS-PAGE ή δωδεκυλοθειικού νατρίου-πολυακρυλαμιδίου είναι μια εργαστηριακή τεχνική που χρησιμοποιείται για τον διαχωρισμό των πρωτεϊνικών μορίων με βάση το μοριακό τους βάρος. Η θεωρία πίσω από την τεχνική είναι ότι οι πρωτεΐνες με διαφορετικά μοριακά βάρη παρουσιάζουν διαφορετικούς ρυθμούς μετανάστευσης. Τα μόρια χαμηλού μοριακού βάρους μεταναστεύουν γρηγορότερα ενώ τα μόρια υψηλού μοριακού βάρους μεταναστεύουν αργά. Το μέσο μετανάστευσης είναι ένα τζελ. Υπάρχουν δύο τύποι τζελ που ονομάζονται τζελ στοίβαξης και γέλη διαχωρισμού. Η βασική διαφορά μεταξύ της γέλης στοίβαξης και της γέλης διαχωρισμού είναι ότι το pH της γέλης στοίβαξης είναι 6,8 ενώ το pH της γέλης διαχωρισμού είναι 8,8.
Τι είναι Stacking Gel;
Το Το τζελ στοίβαξης είναι ένα πήκτωμα πολυακρυλαμιδίου χαμηλής συγκέντρωσης που τοποθετείται στην κορυφή ενός πιο συμπυκνωμένου πηκτώματος διαχωρισμού (διαχωριστική γέλη) στην τεχνική SDS-PAGE. Η γέλη στοίβαξης χρησιμοποιείται για τη βελτίωση της ανάλυσης της ηλεκτροφόρησης. Η ανάλυση αυξάνεται λόγω της διαφοράς μεταξύ των συγκεντρώσεων της γέλης στοίβαξης και της γέλης διαχωρισμού που επηρεάζουν τις πρωτεΐνες στο δείγμα. Δεδομένου ότι η συγκέντρωση πολυακρυλαμιδίου στη γέλη στοίβαξης είναι χαμηλή, το μέγεθος των πόρων είναι υψηλότερο. Αυτό βοηθά επίσης στην αύξηση του χωρισμού.
Το τζελ στοίβαξης είναι ένα χαλαρό τζελ πολυακρυλαμιδίου με μεγάλους πόρους περίπου 7% πολυακρυλαμιδίου. Αυτοί οι πόροι δεν λειτουργούν ως σημαντικός φραγμός για μεγάλα μόρια πρωτεΐνης. Ως εκ τούτου, αυτό το τζελ επηρεάζει ελαφρώς την κινητικότητα αυτών των πρωτεϊνών. Αυτό κάνει τον διαχωρισμό ανάλογα με την κινητικότητα και το μέγεθος της πρωτεΐνης με τη συμπύκνωση τους μεταξύ δύο πηκτωμάτων.
Εικόνα 01: Γέλη ακρυλαμιδίου SDS-PAGE
Το pH της γέλης στοίβαξης είναι 6,8. Το pH του είναι όξινο από αυτό της διάλυσης γέλης κατά 2 μονάδες pH. Αυτό το pH συνεπάγεται χαμηλότερη ιοντική ισχύ, επομένως υψηλότερη ηλεκτρική αντίσταση. Αυτό προκαλεί την κινητικότητα των πρωτεϊνών από άλλα φορτισμένα σωματίδια που υπάρχουν στο πήκτωμα.
Τι είναι το Separating Gel;
Το διαχωριστικό τζελ ή η γέλη διάλυσης μιας τεχνικής SDS-PAGE είναι μια γέλη πολυακρυλαμιδίου υψηλής συγκέντρωσης που τοποθετείται στην κορυφή της γέλης στοίβαξης χαμηλής συγκέντρωσης. Το διαχωριστικό πήκτωμα περιέχει υψηλή ποσότητα πολυακρυλαμιδίου (10%). Το pH αυτής της γέλης διατηρείται ως pH=8,8, το οποίο είναι υψηλότερο επίπεδο pH από αυτό της γέλης στοίβαξης.
Εικόνα 02: Συσκευή ηλεκτροφόρησης γέλης
Όταν τα μόρια πρωτεΐνης φτάσουν στο διαχωριστικό πήκτωμα, η μετανάστευση αυτών των μορίων επιβραδύνεται επειδή το διαχωριστικό πήκτωμα είναι ένα πήκτωμα υψηλής συγκέντρωσης με μικρό μέγεθος πόρων που μπορεί να λειτουργήσει ως σημαντικό εμπόδιο για την κίνηση των μορίων πρωτεΐνης. Αυτή η επιβράδυνση επιτρέπει στις άλλες πρωτεΐνες να μεταναστεύουν αργά για να καλύψουν τη διαφορά, με αποτέλεσμα μια στενή, συγκεντρωμένη ζώνη μεταξύ των δύο πηκτωμάτων.
Ποια είναι η σχέση μεταξύ του τζελ στοίβαξης και του διαχωριστικού τζελ;
Και οι δύο τύποι Gel Stacking και Separating Gel χρησιμοποιούνται στην ίδια συσκευή
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ του τζελ στοίβαξης και του διαχωριστικού τζελ;
Gel στοίβαξης vs Διαχωριστικό Τζελ |
|
| Το τζελ στοίβαξης είναι ένα πήκτωμα πολυακρυλαμιδίου χαμηλής συγκέντρωσης που τοποθετείται στην κορυφή ενός πιο συμπυκνωμένου πηκτώματος διαχωρισμού (διαχωριζόμενης γέλης) στην τεχνική SDS-PAGE. | Η γέλη διαχωρισμού ή η γέλη διάλυσης μιας τεχνικής SDS-PAGE είναι μια γέλη πολυακρυλαμιδίου υψηλής συγκέντρωσης που τοποθετείται στην κορυφή ενός τζελ με χαμηλή συγκέντρωση στοίβαξης. |
| Τοποθέτηση | |
| Το τζελ στοίβαξης τοποθετείται στη γέλη διαχωρισμού (διαχωρισμού). | Το διαχωριστικό τζελ τοποθετείται στον πάτο του δοχείου που χρησιμοποιείται για την ηλεκτροφόρηση γέλης. |
| Συγκέντρωση | |
| Η συγκέντρωση του τζελ στοίβαξης είναι υψηλή. | Η συγκέντρωση του διαχωριστικού τζελ είναι χαμηλή. |
| Περιεκτικότητα σε πολυακρυλαμίδιο | |
| Το τζελ στοίβαξης περιέχει περίπου 7% πολυακρυλαμίδιο. | Το διαχωριστικό ζελέ περιέχει περίπου 10% πολυακρυλαμίδιο. |
| pH | |
| Το pH του τζελ στοίβαξης είναι 6,8. | Το pH του διαχωριστικού τζελ είναι 8,8. |
| Μέγεθος Πόρων | |
| Υπάρχουν μεγάλα μεγέθη πόρων στο τζελ στοίβαξης. | Υπάρχουν μικρά μεγέθη πόρων στο διαχωριστικό τζελ. |
| Ανάλυση | |
| Το τζελ στοίβαξης δίνει καλύτερη ανάλυση. | Το διαχωριστικό τζελ δίνει κακή ανάλυση. |
Σύνοψη – Τζελ στοίβαξης έναντι Τζελ διαχωρισμού
Η γέλη στοίβαξης και η γέλη διαχωρισμού είναι δύο τύποι πηκτωμάτων πολυακρυλαμιδίου που χρησιμοποιούνται για τον καλύτερο διαχωρισμό των μορίων πρωτεΐνης σε ένα δεδομένο δείγμα. Η διαφορά μεταξύ της γέλης στοίβαξης και της γέλης διαχωρισμού είναι ότι το pH της γέλης στοίβαξης είναι 6,8 ενώ το pH της γέλης διαχωρισμού είναι 8,8.
