Η βασική διαφορά μεταξύ των LINEs και των SINE είναι ότι τα LINEs (μακριά διάσπαρτα πυρηνικά στοιχεία) είναι ένας τύπος μακρύτερων μη LTR ρετρομεταθεζονίων, ενώ τα SINE (μικρά διάσπαρτα πυρηνικά στοιχεία) είναι ένας τύπος πολύ μικρότερων μη LTR ρετρομεταθετών.
Μη-LTR ρετροτρανσποζόνια δεν περιέχουν μακρές τερματικές επαναλήψεις (LTR). Ωστόσο, περιέχουν γονίδια για την αντίστροφη μεταγραφάση, πρωτεΐνη δέσμευσης RNA, νουκλεάση και ριβονουκλεάση Η. Τα ρετροτρανσποζόνια που δεν είναι LTR έχουν σύντομες επαναλήψεις. Αυτές οι επαναλήψεις έχουν μια ανεστραμμένη σειρά βάσεων η μία δίπλα στην άλλη. Εκτός από αυτό, τα ρετροτρανσποζόνια που δεν είναι LTR έχουν επίσης άμεσες επαναλήψεις που βρίσκονται στα τρανσποζόνια LRT. Τα ρετροτρανσποζόνια που δεν είναι LTR εμπίπτουν σε δύο κατηγορίες ως LINEs και SINE.
Τι είναι οι ΓΡΑΜΜΕΣ;
Οι ΓΡΑΜΜΕΣ (μακράς διάσπαρτα πυρηνικά στοιχεία) είναι μακρύτερα ρετροτρανσποζόνια χωρίς LTR. Είναι ευρέως διαδεδομένα στα γονιδιώματα των ευκαρυωτών. Συνήθως αποτελούν το 21,1% του ανθρώπινου γονιδιώματος. Κάθε LINE έχει μήκος περίπου 7000 ζεύγη βάσεων. Οι ΓΡΑΜΜΕΣ μπορούν να μεταγραφούν σε mRNA και να μεταφραστούν σε πρωτεΐνη που μπορεί να λειτουργήσει ως ένζυμο αντίστροφης μεταγραφάσης. Αυτή η αντίστροφη μεταγραφάση παράγει αντίγραφα DNA των LINEs RNA. Αυτά τα αντίγραφα DNA μπορούν να ενσωματωθούν στο γονιδίωμα σε μια νέα τοποθεσία.
Εικόνα 01: ΓΡΑΜΜΕΣ και SINE
Το ανθρώπινο γονιδίωμα έχει μόνο μία άφθονη ΓΡΑΜΜΗ που ονομάζεται ΓΡΑΜΜΗ-1. Το στοιχείο LINE-1 έχει μήκος περίπου 6000 ζεύγη βάσεων. Υπάρχουν περίπου 100.000 περικομμένα στοιχεία LINE-1 στο ανθρώπινο γονιδίωμα. Μπορεί να συμβεί τυχαία μετάλλαξη σε LINEs. Λόγω τυχαίων μεταλλάξεων, οι ΓΡΑΜΜΕΣ μπορεί να εκφυλιστούν. Δεν μεταγράφονται ή μεταφράζονται πλέον. Επιπλέον, οι LINE ομαδοποιούνται σε πέντε κύριες ομάδες όπως L1, RTE, R2, I και jockey. Αυτές οι πέντε ομάδες υποδιαιρούνται περαιτέρω σε άλλες 28 κλάσεις.
Οι ΓΡΑΜΜΕΣ διαδίδονται συνήθως μέσω ενός μηχανισμού που ονομάζεται μηχανισμός αντίστροφης μεταγραφής με εκκίνηση στόχου (TPRT). Η εισαγωγή LINES προκαλεί ανθρώπινες ασθένειες όπως η αιμορροφιλία Α, ο καρκίνος, οι μεντελικές διαταραχές κ.λπ. Η υπομεθυλίωση των γραμμών προκαλεί επίσης ορισμένους τύπους καρκίνου.
Τι είναι τα SINE;
Τα SINE (μικρά διάσπαρτα πυρηνικά στοιχεία) είναι ένας τύπος πολύ μικρότερων ρετροτρανσποζονίων που δεν είναι LTR. Έχουν μήκος περίπου 100 έως 700 ζεύγη βάσεων. Τα SINE είναι επίσης στοιχεία DNA που ενισχύονται σε όλα τα ευκαρυωτικά γονιδιώματα μέσω ενδιάμεσων RNA. Τα SINE αποτελούν περίπου το 13% του γονιδιώματος των θηλαστικών. Οι εσωτερικές περιοχές των SINE προέρχονται από το tRNA. Παραμένει εξαιρετικά συντηρημένο. Συχνά υπάρχουν σε πολλά είδη σπονδυλωτών και ασπόνδυλων. Η παραλλαγή του αριθμού αντιγράφων και οι μεταλλάξεις στα SINE μπορούν να ενσωματωθούν για την κατασκευή της ταξινόμησης των ειδών με βάση τη φυλογένεση.
Τα SINE μπορούν να ομαδοποιηθούν σε τρεις κύριους τύπους: CORE-SINE, V-SINE και AmnSINE. Το στοιχείο Alu είναι το πιο κοινό SINE στα πρωτεύοντα. Επιπλέον, υπάρχουν περισσότερες από 50 ανθρώπινες ασθένειες που σχετίζονται με την εισαγωγή SINE. Όταν εισάγονται μέσα ή κοντά στα εξόνια, μπορεί να προκαλέσουν ακατάλληλη συναρμογή ή να αλλάξουν το πλαίσιο ανάγνωσης. Αυτό οδηγεί σε φαινότυπους ασθενειών όπως καρκίνο του μαστού, καρκίνο του παχέος εντέρου, λευχαιμία, αιμορροφιλία, κυστική ίνωση, καρκίνο του παχέος εντέρου, νόσο του Dent, νευροϊνωμάτωση κ.λπ.
Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ των γραμμών και των SINE;
- Οι LINEs και SINE είναι δύο τύποι ρετροτρανσποζονίων που δεν είναι LTR.
- Και οι δύο δεν έχουν μεγάλες τερματικές περιοχές (LTR).
- Και τα δύο βρίσκονται κυρίως μόνο στους ευκαρυώτες.
- Είναι και τα δύο μη αυτόνομα.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ των γραμμών και των SINE;
Οι LINEs είναι μακρύτερα ρετροτρανσποζόνια χωρίς LTR, ενώ τα SINE είναι πολύ μικρότερα ρετροτρανσποζόνια χωρίς LTR. Έτσι, αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ LINEs και SINE. Επιπλέον, το LINES κωδικοποιεί το ένζυμο ανάστροφης μεταγραφάσης, ενώ το SINE δεν κωδικοποιεί το ένζυμο ανάστροφης μεταγραφάσης. Επομένως, αυτή είναι μια άλλη διαφορά μεταξύ LINE και SINE.
Περισσότερες διαφορές μεταξύ LINE και SINE παρατίθενται παρακάτω σε μορφή πίνακα για σύγκριση δίπλα-δίπλα.
Σύνοψη – LINEs vs SINEs
Τα ρετροτρανσποζόνια βρίσκονται κυρίως σε όλους τους ευκαρυώτες αλλά απουσιάζουν στους προκαρυώτες. Περίπου το 37% του ανθρώπινου γονιδιώματος περιέχει ρετροτρανσποζόνια. Τα ρετροτρανσποζόνια είναι κυρίως δύο τύποι: τα ρετροτρανσποζόνια LTR και τα μη-LTR. Τα ρετροτρανσποζόνια που δεν είναι LTR δεν περιέχουν μακρές τερματικές επαναλήψεις (LTR), οι οποίες υπάρχουν στα ρετροτρανσποζόνια LTR. Τα ρετροτρανσποζόνια που δεν είναι LTR χωρίζονται περαιτέρω σε δύο κατηγορίες: LINEs και SINE. Τα LINE είναι μακρύτερα ρετροτρανσποζόνια χωρίς LTR, ενώ τα SINE είναι πολύ μικρότερα ρετροτρανσποζόνια χωρίς LTR. Έτσι, αυτή είναι η περίληψη της διαφοράς μεταξύ LINE και SINE.
