Η βασική διαφορά μεταξύ ITS1 και ITS2 είναι ότι το ITS1 είναι ένα διαχωριστικό DNA που βρίσκεται μεταξύ των γονιδίων rRNA 18S και 5.8S στους ευκαρυώτες, ενώ το ITS2 είναι ένα διαχωριστικό DNA που βρίσκεται μεταξύ των γονιδίων rRNA 5,8S και 28S στους ευκαρυώτες.
Εσωτερικός μεταγραφόμενος διαχωριστής (ITS) είναι το διαχωριστικό DNA που βρίσκεται συνήθως μεταξύ ριβοσωμικού RNA μικρής υπομονάδας και γονιδίων ριβοσωμικού RNA μεγάλης υπομονάδας στο χρωμόσωμα ή στην αντίστοιχη μεταγραφόμενη περιοχή στο μόριο μεταγραφής πρόδρομου πολυκιστρονικού rRNA. Στα βακτήρια και τα αρχαία, υπάρχει μόνο ένα μόνο ITS μεταξύ των γονιδίων rRNA 16S και 23S. Αλλά στους ευκαρυώτες, υπάρχουν δύο διαχωριστικά DNA του ITS: το ITS1 (μεταξύ 18S και 5.8S rRNA γονίδια) και ITS2 (μεταξύ 5,8S και 28S rRNA). Επομένως, το ITS1 και το ITS2 είναι δύο διαχωριστικά DNA που βρίσκονται μεταξύ των γονιδίων rRNA σε ευκαρυώτες.
Τι είναι το ITS1;
Το ITS1 είναι ένα διαχωριστικό DNA που βρίσκεται μεταξύ των γονιδίων rRNA 18S και 5,8S σε ευκαρυώτες. Το ITS αναφέρεται σε ένα κομμάτι μη λειτουργικού διαχωριστικού DNA που βρίσκεται μεταξύ γονιδίων rRNA. Το ITS1 έχει μεγαλύτερη διακύμανση μήκους από το ITS2. Η διακύμανση μήκους του ITS1 είναι περίπου (200-300bp). Οι δείκτες ITS όπως το ITS1 έχουν αποδείξει την αποτελεσματικότητά τους στην αποσαφήνιση των φυλογενετικών σχέσεων μεταξύ διαφορετικών ταξινομικών κατηγοριών. Επιπλέον, το διαχωριστικό DNA του ITS1 είναι λιγότερο διατηρημένο από το διαχωριστικό DNA του ITS2. Οι δομές ITS1 διατηρούνται μόνο σε πολύ μικρότερες ταξινομικές μονάδες. Κάθε ευκαρυωτικό ριβοσωμικό σύμπλεγμα περιέχει επίσης περιοχές που ονομάζονται εξωτερικοί μεταγραφόμενοι διαχωριστές (5' και 3' ETS).
Εικόνα 01: Περιοχή ITS1
Το DNA του διαχωριστή ITS1 είναι πολύ κοντά στον 5'εξωτερικό μεταγραμμένο διαχωριστή (5' ETS). Επιπλέον, εάν κάποιος θέλει να ενισχύσει την περιοχή ITS1 για μελέτες φυλογενετικών σχέσεων, πρέπει να χρησιμοποιήσει ένα συγκεκριμένο ζεύγος εκκινητών (ανάστροφοι και εμπρός εκκινητές) για το σκοπό αυτό. Για την ενίσχυση της περιοχής ITS1, δύο σετ εκκινητών χρησιμοποιούνται συνήθως στα πρωτόκολλα PCR των εργαστηρίων. Είναι ITS1 προς τα εμπρός και ITS2 προς τα πίσω ή ITS1 προς τα εμπρός και ITS4 προς τα πίσω.
Τι είναι το ITS2;
Το ITS2 είναι ένα διαχωριστικό DNA που βρίσκεται μεταξύ των γονιδίων rRNA 5,8S και 28S σε ευκαρυώτες. Η περιοχή ITS2 έχει μικρότερη διακύμανση μήκους από την περιοχή ITS1. Η διακύμανση μήκους του ITS2 είναι περίπου (180-240bp). Ωστόσο, η περιοχή ITS2 είναι πιο διατηρημένη από την περιοχή ITS1 σε πολλές ταξινομικές μονάδες. Προσδιορίζει ότι όλες οι ακολουθίες ITS2 μοιράζονται έναν κοινό πυρήνα της δευτερεύουσας δομής. Επιπλέον, το 40% της περιοχής ITS2 διατηρείται μεταξύ όλων των αγγειόσπερμων, ενώ είναι δυνατό να ευθυγραμμιστεί το 50% της περιοχής ITS2 σε όλη την οικογένεια και σε υψηλότερο επίπεδο.
Εικόνα 02: Περιοχή ITS2
Ανεξάρτητα από το εύρος της διατήρησης, η χρήση της περιοχής ITS2 είναι επίσης πολύ δημοφιλής, όπως η περιοχή ITS1, σε μελέτες φυλογενετικών σχέσεων, ειδικά σε γραμμωτό κώδικα DNA μυκήτων. Για την ενίσχυση της περιοχής ITS2, ένα συγκεκριμένο σετ εκκινητών χρησιμοποιείται γενικά στα πρωτόκολλα PCR των εργαστηρίων. Αυτό είναι το ITS1 προς τα εμπρός και το ITS4 αντίστροφα. Αλλά όταν το πρωτόκολλο PCR χρησιμοποιεί αυτό το σετ εκκινητών, ενισχύει επίσης την περιοχή ITS1 μαζί με την περιοχή ITS2. Επιπλέον, το DNA του διαχωριστή ITS2 είναι πολύ κοντά στον 3'εξωτερικό μεταγραφόμενο διαχωριστή (3' ETS).
Ομοιότητες μεταξύ ITS1 και ITS2
- ITS1 και ITS2 είναι δύο διαχωριστικά DNA που βρίσκονται μεταξύ των γονιδίων rRNA.
- Υπάρχουν μόνο στους ευκαρυώτες.
- Μπορούν να ενισχυθούν και τα δύο χρησιμοποιώντας συγκεκριμένα ζεύγη εκκινητών.
- Και τα δύο αποκόπτονται κατά την ωρίμανση rRNA ως μη λειτουργικά παραπροϊόντα.
- Και τα δύο είναι πολύ σημαντικά για μελέτες φυλογενετικών σχέσεων, ειδικά για τη γραμμοκωδικοποίηση DNA από μύκητες.
Διαφορά μεταξύ ITS1 και ITS2
Το ITS1 είναι ένα διαχωριστικό DNA που υπάρχει μεταξύ των γονιδίων rRNA 18S και 5,8S σε ευκαρυώτες, ενώ το ITS2 είναι ένα διαχωριστικό DNA που βρίσκεται μεταξύ των γονιδίων rRNA 5,8S και 28S στους ευκαρυώτες. Έτσι, αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ ITS1 και ITS2. Επιπλέον, το ITS1 έχει μεγαλύτερη διακύμανση μήκους σε σύγκριση με το ITS2. Από την άλλη πλευρά, το ITS2 έχει μικρότερη διακύμανση μήκους σε σύγκριση με το ITS1. Αυτή είναι μια άλλη διαφορά μεταξύ ITS1 και ITS2.
Το παρακάτω infographic παραθέτει τις διαφορές μεταξύ ITS1 και ITS2 σε μορφή πίνακα για σύγκριση δίπλα-δίπλα.
Σύνοψη – ITS1 vs ITS2
Η εσωτερική μεταγραφόμενη περιοχή (ITS) είναι ένα μη λειτουργικό κομμάτι διαχωριστικού DNA που βρίσκεται μεταξύ γονιδίων rRNA. Στα βακτήρια και τα αρχαία, υπάρχει μόνο μία περιοχή ITS. Αλλά στους ευκαρυώτες, υπάρχουν δύο περιοχές ITS: ITS1 και ITS2. Το ITS1 είναι ένα διαχωριστικό DNA που βρίσκεται μεταξύ των γονιδίων rRNA 18S και 5,8S στους ευκαρυώτες, ενώ το ITS2 είναι ένα διαχωριστικό DNA που βρίσκεται μεταξύ των γονιδίων rRNA 5,8S και 28S στους ευκαρυώτες. Έτσι, αυτή είναι η περίληψη της διαφοράς μεταξύ ITS1 και ITS2.
