Βασική διαφορά – Σελίδα SDS εναντίον Western Blot
Το Western blotting είναι μια τεχνική που ανιχνεύει μια συγκεκριμένη πρωτεΐνη από ένα δείγμα πρωτεΐνης. Αυτή η τεχνική εκτελείται μέσω πολλών βασικών βημάτων: ηλεκτροφόρηση γέλης, στύπωμα και υβριδοποίηση. Η ηλεκτροφόρηση γέλης πολυακρυλαμιδίου δωδεκυλοθειικού νατρίου (SDS Page) είναι ένα είδος τεχνικής ηλεκτροφόρησης γέλης που χρησιμοποιείται για τον διαχωρισμό πρωτεϊνών ανάλογα με τα μεγέθη τους (μοριακά βάρη). Το Western blot είναι ένα ειδικό φύλλο μεμβράνης στύπωσης που χρησιμοποιείται για τη μεταφορά του ίδιου σχεδίου των πρωτεϊνών στη Σελίδα SDS. Η βασική διαφορά μεταξύ SDS Page και western blot είναι ότι το SDS Page επιτρέπει τον διαχωρισμό των πρωτεϊνών σε ένα μείγμα ενώ το western blot επιτρέπει την ανίχνευση και τον ποσοτικό προσδιορισμό μιας συγκεκριμένης πρωτεΐνης από ένα μείγμα. Και οι δύο είναι χρήσιμες σε μελέτες ανάλυσης πρωτεϊνών.
Τι είναι η Σελίδα SDS;
Η σελίδα SDS Page είναι μια τεχνική ηλεκτροφόρησης γέλης που χρησιμοποιείται για τον διαχωρισμό πρωτεϊνών. Χρησιμοποιείται συνήθως στη βιοχημεία, τη γενετική, την εγκληματολογία και τη μοριακή βιολογία. Μόλις οι πρωτεΐνες εξαχθούν από το δείγμα, τρέχουν σε ένα πήκτωμα που αποτελείται από SDS και πολυακρυλαμίδιο. Το SDS είναι ένα ανιονικό απορρυπαντικό που χρησιμοποιείται για τη γραμμικοποίηση πρωτεϊνών (πρωτεΐνες μετουσίωσης) και για την εκχώρηση αρνητικού φορτίου σε γραμμικοποιημένες πρωτεΐνες ανάλογο της μοριακής τους μάζας. Το πολυακρυλαμίδιο γίνεται το στερεό στήριγμα για το τζελ. Οι μετουσιωμένες πρωτεΐνες που είναι αρνητικά φορτισμένες μεταναστεύουν προς το θετικό άκρο της συσκευής μέσω της γέλης. Ανάλογα με τα μεγέθη των πρωτεϊνών, οι ταχύτητες μετανάστευσης διαφέρουν μεταξύ των πρωτεϊνών και λαμβάνει χώρα διαχωρισμός. Επομένως, η σελίδα SDS είναι χρήσιμη για τον διαχωρισμό μεμονωμένων πρωτεϊνών με βάση τα μεγέθη τους.
Η παρασκευή της γέλης πολυακρυλαμιδίου για την κλασμάτωση των πρωτεϊνών είναι ένα κρίσιμο βήμα στη Σελίδα SDS. Η σωστή συγκέντρωση πολυακρυλαμιδίου και ο τύπος του παράγοντα διασύνδεσης που χρησιμοποιείται επηρεάζουν έντονα τις φυσικές ιδιότητες της γέλης, γεγονός που κάνει τον πραγματικό διαχωρισμό των διαφορετικών πρωτεϊνών. Τα μεγέθη των πόρων της γέλης θα πρέπει να αντιμετωπίζονται σωστά για αποτελεσματικό διαχωρισμό. Ωστόσο, η Σελίδα SDS θεωρείται τεχνική διαχωρισμού πρωτεϊνών υψηλής ανάλυσης.
Η τεχνική SDS Page έχει έναν σημαντικό περιορισμό στην ανάλυση πρωτεϊνών. Εφόσον το SDS μετουσιώνει τις πρωτεΐνες πριν από τον διαχωρισμό, δεν επιτρέπει την ανίχνευση ενζυματικής δραστηριότητας, αλληλεπιδράσεις δέσμευσης πρωτεϊνών, συμπαράγοντες πρωτεΐνης κ.λπ.
Εικόνα 01: Σελίδα SDS
Τι είναι το Western Blot;
Η τεχνική Western blotting επιτρέπει την ανίχνευση μιας συγκεκριμένης πρωτεΐνης από ένα μείγμα πρωτεϊνών και τη μέτρηση της ποσότητας και του μοριακού βάρους της πρωτεΐνης. Το Western blot είναι η μεμβράνη που χρησιμοποιείται κατά τη διαδικασία στύπωσης για να ληφθεί η κατοπτρική εικόνα των πρωτεϊνικών μοτίβων στο πήκτωμα πολυακρυλαμιδίου SDS. Η μεμβράνη που χρησιμοποιείται για το western blotting αποτελείται κυρίως από νιτροκυτταρίνη ή διφθοριούχο πολυβινυλιδένιο (PVDF). Η μεμβράνη με τη μεταφερόμενη πρωτεΐνη μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την αναγνώριση της επιθυμητής πρωτεΐνης. Απαιτεί αντίσωμα υψηλής ποιότητας για την ανίχνευση της επιθυμητής πρωτεΐνης με υβριδισμό. Το αντίσωμα συνδέεται με το ειδικό του αντιγόνο και αποκαλύπτει την παρουσία του επιθυμητού αντιγόνου που είναι μια πρωτεΐνη.
Η μεταφορά των πρωτεϊνών από το πήκτωμα πολυακρυλαμιδίου SDS στο στύπωμα western πραγματοποιείται με ηλεκτροστύπωμα. Είναι μια αποτελεσματική και γρήγορη μέθοδος που αναγκάζει τις πρωτεΐνες να ηλεκτροφορήσουν έξω από το τζελ και να περάσουν στη μεμβράνη νιτροκυτταρίνης (western blot).
Εικόνα 02: Western Blot
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ Σελίδας SDS και Western Blot;
Σελίδα SDS vs Western Blot |
|
| Η σελίδα SDS είναι μια τεχνική ηλεκτροφόρησης γέλης. | Το Western blot είναι μια τεχνική που εκτελείται σε μια μεμβράνη για την ανίχνευση μιας συγκεκριμένης πρωτεΐνης από ένα μείγμα. |
| Χρήση | |
| Η σελίδα SDS επιτρέπει τον διαχωρισμό των πρωτεϊνών ανάλογα με το μέγεθός τους. | Το Western blot επιτρέπει τη μεταφορά πρωτεϊνών στο gel σελίδας SDS χωρίς αλλαγή του μοτίβου του και επιτρέπει τον υβριδισμό με συγκεκριμένα αντισώματα. |
| Μειονεκτήματα | |
| Η μετουσίωση πρωτεΐνης, το υψηλό κόστος και η παρουσία χημικών ουσιών νευροτοξίνης είναι τα μειονεκτήματα αυτής της τεχνικής. | Αυτή η τεχνική είναι χρονοβόρα και απαιτεί έμπειρη προσωπική και συγκεκριμένες ελεγχόμενες συνθήκες. |
Σύνοψη – Σελίδα SDS vs Western Blot
Η σελίδα SDS και το western blot είναι δύο μέθοδοι που εμπλέκονται στην ανάλυση πρωτεϊνών. Η σελίδα SDS επιτρέπει τον εύκολο διαχωρισμό των πρωτεϊνών σε ένα τζελ ανάλογα με το μοριακό τους βάρος. Το Western blot βοηθά στην επιβεβαίωση της παρουσίας και της ποσότητας μιας συγκεκριμένης πρωτεΐνης μέσω υβριδισμού με συγκεκριμένα αντισώματα. Αυτή είναι η διαφορά μεταξύ της σελίδας SDS και του western blot.
