Βασική διαφορά – Rooted vs Unrooted Phylogenetic Tree
Η φυλογένεση είναι ένα σημαντικό πεδίο που εξερευνά τη ζωή στη γη διαχρονικά. Αποκαλύπτει τη σύνδεση μεταξύ των οργανισμών με τους προγόνους και τους απογόνους τους. Οι σχέσεις μεταξύ των οργανισμών αναπαρίστανται διαγραμματικά με διάφορες δενδροειδείς αναπαραστάσεις όπως δενδόγραμμα, κλαδόγραμμα, φαινόγραμμα, φυλλόγραμμα κ.λπ. Υπάρχουν δύο κύριοι τύποι φυλογενετικών δέντρων που είναι γνωστά ως ριζωμένα και άριζα. Η βασική διαφορά μεταξύ του ριζωμένου και του μη ριζωμένου φυλογενετικού δέντρου είναι ότι το ριζωμένο δέντρο δείχνει τον πιο βασικό πρόγονο του δέντρου, ενώ το μη ριζωμένο φυλογενετικό δέντρο δεν δείχνει μια προγονική ρίζα.
Τι είναι ένα ριζωμένο φυλογενετικό δέντρο;
Ένα ριζωμένο φυλογενετικό δέντρο χρησιμεύει ως χρήσιμο διάγραμμα που δείχνει την εξελικτική ιστορία. Έχει έναν βασικό κόμβο που ονομάζεται ρίζα, που αντιπροσωπεύει τον κοινό πρόγονο όλων των ομάδων του δέντρου. Η ρίζα ενός δέντρου θεωρείται ως το παλαιότερο σημείο του δέντρου που αντιπροσωπεύει τον τελευταίο κοινό πρόγονο όλων των ομάδων που περιλαμβάνονται στο δέντρο. Ως εκ τούτου, ένα ριζωμένο δέντρο δείχνει την κατεύθυνση του εξελικτικού χρόνου. Από ένα μόνο είδος ενός ριζωμένου δέντρου, η κοινή καταγωγή ή ο πρόγονος του είδους μπορεί να βρεθεί ανιχνεύοντας πίσω στον βασικό κόμβο. Δεδομένου ότι το ριζωμένο δέντρο απεικονίζει την κατεύθυνση του εξελικτικού χρόνου, είναι εύκολο να βρείτε τις παλαιότερες ή νεότερες ομάδες που έχει. Ένα ριζωμένο δέντρο μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τη μελέτη ολόκληρων ομάδων οργανισμών. Η ακριβής ριζοβολία ενός φυλογενετικού δέντρου είναι ένας σημαντικός και κρίσιμος παράγοντας, καθώς η ανακριβής ριζοβολία μπορεί να οδηγήσει σε λανθασμένες ερμηνείες των γενετικών αλλαγών μεταξύ των οργανισμών και την κατεύθυνσή τους στην εξέλιξη.
Εικόνα 01: Ένα ριζωμένο φυλογενετικό δέντρο
Τι είναι ένα μη ριζωμένο φυλογενετικό δέντρο;
Ένα μη ριζωμένο φυλογενετικό δέντρο είναι ένα φυλογενετικό διάγραμμα που δεν έχει κοινό πρόγονο ή βασικό κόμβο. Αυτός ο τύπος δέντρου δεν υποδεικνύει την προέλευση της εξέλιξης των ομάδων ενδιαφέροντος. Απεικονίζει μόνο τη σχέση μεταξύ των οργανισμών ανεξάρτητα από την κατεύθυνση της εξελικτικής γραμμής χρόνου. Επομένως, είναι δύσκολο να μελετηθούν οι εξελικτικές σχέσεις των ομάδων σε σχέση με το χρόνο χρησιμοποιώντας ένα δέντρο χωρίς ρίζες.
Υπάρχουν δύο κύριοι τρόποι για να ριζώσετε ένα μη ριζωμένο φυλογενετικό δέντρο. Είναι
Εύρεση μιας εξωτερικής ομάδας – Αυτό απαιτεί προηγούμενη γνώση σχετικά με τις σχέσεις μεταξύ ταξινομήσεων. Στη συνέχεια, μια ταξινόμηση που βρίσκεται έξω από την ομάδα μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως εξωτερική ομάδα για να σχεδιάσει ένα ριζωμένο φυλογενετικό δέντρο
Εύρεση του μέσου ή της απόστασης – Το μέσο των δύο πιο απομακρυσμένων κατηγοριών στο δέντρο μπορεί να θεωρηθεί ως ρίζα για το φυλογενετικό δέντρο
Εικόνα 02: Ένα μη ριζωμένο φυλογενετικό δέντρο
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ ριζωμένου και μη ριζωμένου φυλογενετικού δέντρου;
Rooted vs Unrooted Phylogenetic Tree |
|
| Ένα ριζωμένο φυλογενετικό δέντρο είναι ένα διάγραμμα που δείχνει τον τελευταίο κοινό πρόγονο των ομάδων. | Ένα μη ριζωμένο φυλογενετικό δέντρο δείχνει τις σχέσεις μεταξύ των οργανισμών χωρίς να δείχνει τον κοινό πρόγονο. |
| Κόμβος | |
| Έχει έναν κόμβο (ρίζα). | Δεν έχει κόμβο. |
| Κατεύθυνση της εξέλιξης | |
| Έχει μια κατεύθυνση που δείχνει τον εξελικτικό χρόνο. | Δεν προσδιορίζει μια εξελικτική σχέση. |
| Στάση απέναντι στους Άλλους | |
| Το δέντρο επιτρέπει τον προσδιορισμό της σχέσης προγόνου-απογόνου μεταξύ των ομάδων. | Το δέντρο δεν επιτρέπει να μιλάμε για σχέση προγόνων-απογόνου. |
Σύνοψη – Rooted vs Unrooted Phylogenetic Tree
Ένα φυλογενετικό δέντρο αντιπροσωπεύει τις εξελικτικές οδούς και τις συνδέσεις μεταξύ των οργανισμών χρησιμοποιώντας διακλαδισμένα διαγράμματα που μοιάζουν με δέντρα. Η φυλογενετική τρέσα μπορεί να είναι ριζωμένη ή ξεριζωμένη. Ένα δέντρο με ρίζες έχει έναν κόμβο στη βάση, που αντιπροσωπεύει τον κοινό πρόγονο που συνδέει όλες τις ομάδες συμφερόντων. Ένα δέντρο χωρίς ρίζες δείχνει τις σχέσεις μεταξύ των οργανισμών. Ωστόσο, δεν απεικονίζει τον κοινό πρόγονο που μοιράζονται όλες οι ομάδες. Αυτή είναι η διαφορά μεταξύ ριζωμένου και μη ριζωμένου φυλογενετικού δέντρου.
