Βασική διαφορά – Exome vs αλληλουχία RNA
Η αλληλουχία νουκλεϊκού οξέος είναι η τεχνική που προσδιορίζει τη σειρά των νουκλεοτιδίων σε ένα συγκεκριμένο θραύσμα DNA ή RNA ενός οργανισμού. Η αλληλούχιση είναι σημαντική για τον προσδιορισμό της σύνθεσης του DNA και του RNA του κυττάρου και για τη διάκριση ορισμένων γονιδίων που κωδικοποιούν τις λειτουργικές πρωτεΐνες. Έτσι, η αλληλουχία μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την κατανόηση των μεταλλάξεων αυτών των γονιδίων και των γονιδιακών εκφράσεων. Η μέθοδος Sanger Sequencing ή οι πιο προηγμένες μέθοδοι αλληλούχισης επόμενης γενιάς είναι οι μέθοδοι προσδιορισμού αλληλουχίας που χρησιμοποιούνται συνήθως. Η αλληλουχία εξωμίων είναι η αλληλούχιση του πλήρους συνόλου των εξονίων ή των κωδικοποιητικών περιοχών DNA που υπάρχουν σε έναν οργανισμό, ενώ η αλληλουχία RNA είναι η διαδικασία προσδιορισμού αλληλουχίας των ριβονουκλεϊκών οξέων (RNA). Αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ του προσδιορισμού αλληλουχίας εξώμου και RNA.
Τι είναι η αλληλουχία Exome;
Το Το Exome είναι ένα υποσύνολο του γονιδιώματος που αποτελείται από τα κωδικοποιητικά γονίδια ενός συγκεκριμένου οργανισμού. Τα κωδικοποιητικά γονίδια ονομάζονται εξόνια και μεταγράφονται σε mRNA και στη συνέχεια μεταφράζονται σε αλληλουχίες αμινοξέων. Κατά τις μετα-μεταγραφικές τροποποιήσεις, ο μηχανισμός ματίσματος RNA στους ευκαρυώτες αφαιρεί τα ιντρόνια (μη κωδικοποιητικές περιοχές) και τα εξόνια παραμένουν. Υπάρχουν δύο κύριες τεχνικές στις οποίες γίνεται η αλληλουχία εξωμάτων: βάσει λύσης και βάσει πίνακα.
Στον προσδιορισμό αλληλουχίας εξομών με βάση διάλυμα, τα δείγματα DNA κατακερματίζονται είτε χρησιμοποιώντας περιοριστικά ένζυμα είτε μηχανική μέθοδο και μετουσιώνονται με θερμότητα. Σε αυτή την τεχνική, βιοτινυλιωμένοι ολιγονουκλεοτιδικοί ανιχνευτές (δολώματα) χρησιμοποιούνται για την επιλεκτική υβριδοποίηση με περιοχές στόχους στο γονιδίωμα. Για το στάδιο δέσμευσης χρησιμοποιούνται μαγνητικά σφαιρίδια στρεπταβιδίνης. Το δέσιμο ακολουθείται από ένα βήμα πλύσης όπου οι μη δεσμευμένες και μη στοχευμένες αλληλουχίες ξεπλένονται. Οι δεσμευμένοι στόχοι στη συνέχεια ενισχύονται χρησιμοποιώντας αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR) και στη συνέχεια αλληλουχούνται χρησιμοποιώντας τεχνικές αλληλούχισης Sanger ή Επόμενης Γενιάς.
Εικόνα 01: Αλληλουχία Exome
Η μέθοδος που βασίζεται σε συστοιχία είναι επίσης παρόμοια με τη μέθοδο που βασίζεται σε διάλυμα, με τη διαφορά ότι τα θραύσματα DNA συλλαμβάνονται σε μια μικροσυστοιχία και στη συνέχεια ακολουθούν τα βήματα δέσμευσης και πλύσης πριν από την αλληλουχία τους.
Η αλληλουχία Exome χρησιμοποιείται σε πολλές εφαρμογές όπως η γενετική διάγνωση ασθενειών, στη γονιδιακή θεραπεία, στον εντοπισμό νέων γενετικών δεικτών, στη γεωργία για τον εντοπισμό διαφόρων ευεργετικών αγρονομικών χαρακτηριστικών και σε διαδικασίες αναπαραγωγής φυτών.
Τι είναι η αλληλουχία RNA;
Η αλληλουχία RNA βασίζεται στο μεταγραφικό, το οποίο είναι το πλήρες αντίγραφο του κυττάρου. Οι βασικοί στόχοι της αλληλουχίας RNA είναι η καταγραφή όλων των ειδών του μεταγράφου, συμπεριλαμβανομένων του mRNA, του μη κωδικοποιητικού RNA και του μικρού RNA, για τον προσδιορισμό της μεταγραφικής δομής των γονιδίων και για τον ποσοτικό προσδιορισμό των επιπέδων έκφρασης κάθε μεταγραφής κατά την ανάπτυξη. Κατά τον προσδιορισμό της αλληλουχίας RNA, οι τεχνολογίες υβριδισμού (οι οποίες ήταν συμπληρωματικό DNA που προέρχεται από ώριμες αλληλουχίες mRNA) χρησιμοποιήθηκαν αρχικά για τον προσδιορισμό της αλληλουχίας. Προς το παρόν, μια πιο ακριβής και προηγμένη τεχνική διεκπεραίωσης χρησιμοποιείται για τον προσδιορισμό αλληλουχίας RNA.
Εικόνα 02: Αλληλουχία RNA
Στην αλληλουχία RNA, ένα δείγμα RNA που μπορεί να είναι ολικό RNA ή κλασματοποιημένο RNA μετατρέπεται στο συμπληρωματικό DNA του (cDNA) χρησιμοποιώντας αντίστροφη μεταγραφή και παρασκευάζεται μια βιβλιοθήκη cDNA. Κάθε θραύσμα cDNA συνδέεται με προσαρμογείς και στις δύο πλευρές (αλληλουχία άκρου ζεύγους) ή στη μία πλευρά (αλληλουχία με ένα άκρο). Αυτές οι αλληλουχίες με επισήμανση αλληλουχούνται χρησιμοποιώντας την αλληλουχία Sanger ή την επόμενη γενιά, όπως η αλληλουχία exome.
Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ της αλληλουχίας Exome και του RNA;
- Σύντομα επιλεγμένα θραύσματα ή ολόκληρο το σύνολο DNA/RNA μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τον προσδιορισμό αλληλουχίας Exome ή RNA.
- Τα τμήματα με αλληλουχία διατηρούνται σε βιβλιοθήκες.
- Μπορεί να χρησιμοποιηθεί η αλληλουχία Sanger ή η αλληλουχία επόμενης γενιάς.
- Και οι δύο είναι μέθοδοι προσδιορισμού αλληλουχίας in vitro.
- Τα θραύσματα αλληλουχίας μπορούν να προσδιοριστούν με φθορίζουσες ετικέτες.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ της αλληλουχίας Exome και του RNA;
Exome εναντίον αλληλουχίας RNA |
|
| Αλληλουχία Exome είναι η αλληλούχιση του πλήρους συνόλου των εξονίων ή των κωδικοποιητικών περιοχών DNA που υπάρχουν σε έναν οργανισμό. | Η Αλληλουχία RNA αναφέρεται στη διαδικασία προσδιορισμού αλληλουχίας των ριβονουκλεϊκών οξέων (RNA). το μεταγραφικό. |
| Δείγμα έναρξης | |
| Το γονιδιωματικό DNA είναι το αρχικό δείγμα της αλληλουχίας των εξωμάτων. | Το RNA είναι το αρχικό δείγμα της αλληλουχίας RNA. |
| Σύνθεση | |
| Αυτό περιέχει μόνο κωδικοποιητικές περιοχές του συνολικού DNA που είναι γνωστά ως Εξόνια | Αυτό περιέχει RNA-mRNA / μεταγραφικό. |
| Αλληλουχία | |
| Υπάρχουν δύο κύριες μέθοδοι προσδιορισμού της αλληλουχίας των εξωμάτων. Τεχνολογίες που βασίζονται σε λύσεις και σε συστοιχίες. | Η αλληλουχία RNA γίνεται μέσω της παρασκευής μιας βιβλιοθήκης cDNA με εξαγωγή του συνολικού RNA ή του κατακερματισμένου RNA. |
Σύνοψη – Exome vs αλληλουχία RNA
Το Exome είναι το πλήρες σύνολο των κωδικοποιητικών περιοχών ενός οργανισμού και οι τεχνικές που εμπλέκονται στον προσδιορισμό της ακριβούς σειράς νουκλεοτιδίων του Exome είναι γνωστές ως αλληλουχία εξωμών. Η αλληλουχία RNA είναι η τεχνική που εμπλέκεται στον προσδιορισμό της σειράς νουκλεοτιδίων του RNA ενός οργανισμού. Αυτή είναι η διαφορά μεταξύ του προσδιορισμού αλληλουχίας εξώμου και RNA.
Λήψη έκδοσης PDF του Exome vs RNA Sequencing
Μπορείτε να κατεβάσετε την έκδοση PDF αυτού του άρθρου και να τη χρησιμοποιήσετε για σκοπούς εκτός σύνδεσης σύμφωνα με τη σημείωση παραπομπής. Κάντε λήψη της έκδοσης PDF εδώ Διαφορά μεταξύ Exome και αλληλουχίας RNA
