Η βασική διαφορά μεταξύ consensus PCR και pan PCR είναι ότι η consensus PCR στοχεύει πάντα διατηρημένες περιοχές ενώ η Pan PCR στοχεύει μεταβλητές περιοχές για να αναγνωρίσει διαφορετικά στελέχη μιας ομάδας
Αλυσωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR) είναι μια τεχνική γονιδιακής ενίσχυσης που αποτελείται από τρία κύρια στάδια όπως μετουσίωση, ανόπτηση και επέκταση. Αυτό χρησιμοποιείται ευρέως στη διάγνωση και τη μοριακή ταυτοποίηση. Οι τεχνικές Consensus PCR και Pan PCR βασίζονται στους στόχους εκκινητών που χρησιμοποιεί κάθε τύπος PCR.
Τι είναι η Consensus PCR;
Consensus PCR είναι μια τεχνική PCR που στοχεύει μια διατηρημένη περιοχή για ένα συγκεκριμένο είδος ή γένη. Ως εκ τούτου, επιλέγονται εξαιρετικά διατηρημένες περιοχές για ενίσχυση. Μέσω αυτής της μεθόδου, οι οργανισμοί μπορούν να αναγνωριστούν και να διακριθούν με βάση τη συναίνεσή τους. Αυτή η μέθοδος προσδιορίζει μια διατηρημένη περιοχή για ένα συγκεκριμένο είδος. Για παράδειγμα, η περιοχή 16s rRNA των βακτηρίων παραμένει μια διατηρημένη περιοχή μεταξύ των βακτηρίων. Επομένως, απαιτείται μόνο ένα σετ εκκινητών για την ενίσχυση. Στις περισσότερες περιπτώσεις, μπορεί να χρησιμοποιηθεί ένα γενικό εκκινητή για τη διατηρημένη περιοχή.
Εικόνα 01: Τεχνική PCR
Ακολουθώντας μια συναινετική μέθοδο PCR, μπορούν να συναχθούν ο χαρακτηρισμός των ειδών και οι εξελικτικές σχέσεις. Με βάση την αποτελεσματικότητα ενίσχυσης του συγκεκριμένου οργανισμού δείγματος, μπορεί επίσης να συναχθεί η συναίνεση του οργανισμού ως προς την ομάδα. Επιπλέον, η διεξαγωγή μιας συναινετικής PCR είναι ζωτικής σημασίας στις φυλογενετικές μελέτες. Επιτρέπει την ταυτοποίηση ενός είδους και ερμηνεύει την απόκλιση του συγκεκριμένου οργανισμού ως προς τον κοινό πρόγονο.
Τι είναι το Pan PCR;
Η Pan PCR είναι ένας τρόπος πολυπλεξίας της PCR. Σε αυτή την τεχνική, διαφορετικά στελέχη ενισχύονται χρησιμοποιώντας διάφορους στόχους εκκινητών. Οι στόχοι, ωστόσο, μπορεί να είναι κοινοί στόχοι για τις ομάδες στελεχών. Έτσι, στην Pan PCR, περισσότερα από δύο σετ εκκινητών μπορούν να χρησιμοποιηθούν ταυτόχρονα. Μπορεί να λάβει χώρα σε μια μέθοδο αντίδρασης ενός σωλήνα ή ως μέθοδο αντίδρασης πολλαπλών σωλήνων. Η Pan PCR είναι πιο χρονοβόρα και πιο περίπλοκη σε σύγκριση με μια συναινετική PCR. Για αυτόν τον λόγο, η ερμηνεία των αποτελεσμάτων της PCR μπορεί επίσης να είναι πιο περίπλοκη στην Pan PCR.
Η κύρια εφαρμογή της Pan PCR είναι στη μοριακή διάγνωση. Επιτρέπει τη διάκριση μεταξύ διαφορετικών στελεχών ενός είδους με ενίσχυση στόχου. Η Pan PCR είναι μια ιδανική τεχνική για τον εντοπισμό διαφορετικών στελεχών ενός μεμονωμένου είδους που προκαλούν μια ασθένεια. Στις περισσότερες περιπτώσεις, η αυτοματοποίηση των τεχνικών Pan PCR για διάφορες καταστάσεις υγείας είναι πολύ σημαντική και είναι μια αξιόπιστη και εξαιρετικά αποτελεσματική τεχνική.
Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ της Consensus PCR και της Pan PCR;
- Consensus PCR και Pan PCR είναι δύο τύποι τεχνικών PCR.
- Και οι δύο διαδικασίες ακολουθούν τη γενική διαδικασία τριών βημάτων – μετουσίωση, ανόπτηση και επέκταση.
- Χρησιμοποιούν εκκινητές που είναι συγκεκριμένοι στόχοι.
- Και οι δύο αντιδράσεις λαμβάνουν χώρα σε έναν θερμικό κυκλοποιητή.
- Αυτές οι αντιδράσεις μπορούν να αυτοματοποιηθούν.
- Μπορούν να χρησιμοποιηθούν και τα δύο στη μοριακή διάγνωση και ταυτοποίηση. ωστόσο, η ακρίβεια ποικίλλει.
- Αυτές οι διαδικασίες απαιτούν επικύρωση.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ Consensus PCR και Pan PCR;
Τόσο το Consensus όσο και το Pan PCR ακολουθούν την ίδια διαδικασία ρουτίνας. Ωστόσο, η βασική διαφορά μεταξύ consensus PCR και Pan PCR βασίζεται στους στόχους εκκινητών που χρησιμοποιεί κάθε διαδικασία. Ενώ η Consensus PCR στοχεύει πάντα σε διατηρημένες περιοχές, μια Pan PCR στοχεύει μεταβλητές περιοχές για να αναγνωρίσει διαφορετικά στελέχη μιας ομάδας. Λόγω αυτής της διαφοράς, τα πρωτόκολλα σχεδιασμού εκκινητών, ο αριθμός των σετ εκκινητών που χρησιμοποιούνται και οι συγκεκριμένες εφαρμογές ποικίλλουν.
Το παρακάτω infographic συνοψίζει τη διαφορά μεταξύ Consensus PCR και Pan PCR.
Σύνοψη – Consensus PCR vs Pan PCR
Η PCR, που εισήχθη από τη Mulli, διαδραματίζει σημαντικό επαναστατικό ρόλο στις εφαρμογές της μοριακής βιολογίας. Το Consensus και το Pan PCR είναι δύο τύποι PCR με βάση τις περιοχές-στόχους εκκινητών τους. Ενώ η συναινετική PCR στοχεύει σε διατηρημένες περιοχές, η Pan PCR στοχεύει μεταβλητές περιοχές και παίζει σημαντικό ρόλο στην αναγνώριση του στελέχους. Λόγω αυτής της βασικής διαφοράς μεταξύ consensus PCR και Pan PCR, οι συγκεκριμένες λειτουργίες κάθε τύπου PCR ποικίλλουν επίσης από φυλογενετική ανάλυση έως μοριακό χαρακτηρισμό έως μοριακή διάγνωση.
