Η βασική διαφορά μεταξύ CDS και ORF είναι ότι το CDS είναι αυτή η πραγματική αλληλουχία νουκλεοτιδίων ενός γονιδίου που μεταφράζεται σε πρωτεΐνη, ενώ το ORF είναι ένα τμήμα της αλληλουχίας DNA που ξεκινά με τη θέση έναρξης μετάφρασης (κωδόνιο έναρξης) και τελειώνει με ένα τοποθεσία τερματισμού μετάφρασης (κωδικόνιο διακοπής).
Ένα γονίδιο έχει κωδικοποιητική αλληλουχία (CDS). Αποτελείται από συνολικά εξόνια του γονιδίου και ένα κωδικόνιο έναρξης και ένα κωδικόνιο λήξης. Είναι το πραγματικό μέρος του γονιδίου που μεταφράζει και παράγει την πρωτεΐνη. Το ανοιχτό πλαίσιο ανάγνωσης ή ORF είναι μια αλληλουχία νουκλεοτιδίων που βρίσκεται μεταξύ ενός κωδικονίου έναρξης και ενός κωδικονίου λήξης. Δεν υπάρχει κωδικόνιο λήξης μέσα σε ένα ORF που διακόπτει τον γενετικό κώδικα που μεταφράζεται σε πρωτεΐνη. Στους προκαρυώτες, το CDS και το ORF ενός γονιδίου είναι το ίδιο.
Τι είναι τα CDS;
CDS ή κωδικοποιητική αλληλουχία είναι το τμήμα του γονιδίου που μεταφράζεται στην πραγματικότητα σε πρωτεΐνη. Αποτελείται από εξόνια και δύο κωδικόνια γνωστά ως κωδικόνιο AUG και κωδικόνιο τερματισμού. Το CDS δεν περιέχει δύο μη Μεταφρασμένες περιοχές: 5' UTR και 3' UTR. Επιπλέον, τα εσώνια δεν περιλαμβάνονται στα CDS.
Εικόνα 01: Ακολουθία κωδικοποίησης
Σε σύγκριση με ολόκληρο το γονιδίωμα ενός ατόμου, οι κωδικοποιητικές αλληλουχίες είναι ένα μικρό κλάσμα. Η κωδικοποιητική αλληλουχία αποτελείται από την απαραίτητη νουκλεοτιδική αλληλουχία για την κατασκευή της αλληλουχίας αμινοξέων της πρωτεΐνης. Επομένως, τα CDS είναι συγκεντρωμένα εξόνια τα οποία μπορούν να χωριστούν σε τριπλέτες νουκλεοτιδίων ή κωδικόνια. Τα κωδικόνια δημιουργούν αμινοξέα.
Τι είναι το ORF;
Ανοιχτό πλαίσιο ανάγνωσης ή ORF είναι η συνεχής έκταση μιας νουκλεοτιδικής αλληλουχίας που αρχίζει με ένα κωδικόνιο έναρξης και τελειώνει με ένα κωδικόνιο λήξης. Με απλά λόγια, το ORF αναφέρεται στην περιοχή της νουκλεοτιδικής αλληλουχίας που βρίσκεται μεταξύ των κωδικονίων έναρξης και λήξης. Ενδιάμεσα, δεν υπάρχει κωδικόνιο διακοπής που διακόπτει το ORF. Η νουκλεοτιδική αλληλουχία μεταξύ του κωδικονίου έναρξης και λήξης κωδικοποιεί για αμινοξέα. Γενικά, το κωδικόνιο έναρξης είναι ATG ενώ τα κωδικόνια λήξης είναι TAG, TAA και TGA. Το ORF δίνει μια λειτουργική πρωτεΐνη όταν μεταγράφεται και μεταφράζεται. Ως εκ τούτου, το ORF περιλαμβάνει ένα κωδικόνιο έναρξης, αρκετά κωδικόνια στη μεσαία περιοχή και ένα κωδικόνιο λήξης. Είναι ενδιαφέρον ότι το ORF έχει μήκος που μπορεί να διαιρεθεί με τρία.
Εικόνα 02: Ανοίξτε το πλαίσιο ανάγνωσης
Στα προκαρυωτικά, δεδομένου ότι δεν υπάρχουν εσώνια, το ORF είναι η κωδικοποιητική αλληλουχία ενός γονιδίου που μεταγράφει απευθείας σε mRNA. Επομένως, το CDS και το PRF είναι το ίδιο στους προκαρυώτες. Κατά την αναζήτηση γονιδίων σε προκαρυώτες, είναι εύκολο να ανιχνευθεί ένα ORF και να βρεθεί ένα γονίδιο σε προκαρυώτες. Στους ευκαρυώτες, καθώς υπάρχουν εσώνια, το ORF είναι η αλληλουχία κωδικονίων που σχηματίζεται μετά από επεξεργασία ή μάτισμα RNA. Το ORF είναι ένα αποδεικτικό στοιχείο που βοηθά στην πρόβλεψη γονιδίου, εφόσον το ORF είναι πιθανό να είναι μέρος ενός γονιδίου.
Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ CDS και ORF;
- Στα προκαρυωτικά, τα CDS και ORF είναι τα ίδια.
- Και τα δύο έχουν κωδικόνιο έναρξης και κωδικόνιο λήξης.
- Έχουν έναν αριθμό νουκλεοτιδίων που μπορούν να διαιρεθούν με τρία.
- Μόλις μεταφραστούν, παράγουν αλληλουχίες αμινοξέων.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ CDS και ORF;
Το CDS είναι το πραγματικό μέρος του γονιδίου που μεταφράζεται σε πρωτεΐνη, ενώ το ORF είναι η έκταση του DNA μεταξύ ενός κωδικονίου έναρξης και ενός κωδικονίου λήξης. Έτσι, αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ CDS και ORF. Επιπλέον, το CDS δεν περιέχει εσώνια, αλλά το ORF μπορεί να περιέχει εσώνια. Το CDS μεταγράφει πλήρως σε μια πλήρη αλληλουχία mRNA ενώ το ORF μπορεί να είναι μέρος της αλληλουχίας mRNA. Επομένως, αυτή είναι μια άλλη διαφορά μεταξύ CDS και ORF.
Κάτω από τα γραφήματα παρουσιάζονται δίπλα-δίπλα οι διαφορές μεταξύ CDS και ORF.
Σύνοψη – CDS vs ORF
Το CDS και ORF είναι δύο σημαντικά μέρη ενός γονιδίου. Το CDS αναφέρεται στην πραγματική περιοχή του DNA που μεταφράζεται σε πρωτεΐνη. Το ORF είναι μια αλληλουχία DNA που ξεκινά με το κωδικόνιο έναρξης «ATG» και τελειώνει με οποιοδήποτε από τα τρία κωδικόνια τερματισμού (TAA, TAG ή TGA). Το ORF μπορεί να είναι μέρος του πλήρους mRNA ενός γονιδίου. Ωστόσο, η κωδικεύουσα αλληλουχία ενός γονιδίου μεταγράφεται σε πλήρη αλληλουχία mRNA. Όλα τα CDS είναι ORF. Αλλά δεν είναι όλα τα ORF CDS. Έτσι, αυτό συνοψίζει τη διαφορά μεταξύ CDS και ORF.
