Η βασική διαφορά μεταξύ CDS και cDNA είναι ότι το CDS ή η κωδικοποιητική αλληλουχία είναι το μέρος ενός μεταγραφήματος που μεταφράζεται πραγματικά σε πρωτεΐνη, ενώ η αλληλουχία cDNA είναι μια αλληλουχία DNA που προέρχεται από το mRNA με αντίστροφη μεταγραφή.
Ένα γονίδιο είναι μια αλληλουχία νουκλεοτιδίων που κωδικοποιεί μια πρωτεΐνη. Αποτελείται από διαφορετικές περιοχές όπως περιοχή προαγωγέα, θέση έναρξης μεταγραφής, εξόνια, κωδικόνιο έναρξης, εσώνια και κωδικόνιο λήξης. Επομένως, ένα γονίδιο έχει και κωδικοποιητικές και μη κωδικοποιητικές αλληλουχίες. Οι κωδικοποιητικές αλληλουχίες ή CDS αναφέρονται στα εξόνια και δύο κωδικόνια, τα οποία είναι το κωδικόνιο έναρξης και το κωδικόνιο λήξης. Είναι η αλληλουχία που στην πραγματικότητα μεταφράζεται σε πρωτεΐνη. Αντίθετα, το cDNA είναι μια αλληλουχία DNA που προέρχεται από το mRNA με αντίστροφη μεταγραφή.
Τι είναι τα CDS;
Το CDS ή κωδικοποιητική αλληλουχία είναι ένα μέρος ενός γονιδίου το οποίο στην πραγματικότητα μεταφράζεται σε πρωτεΐνη. Αποτελείται από εξόνια και δύο κωδικόνια ως κωδικόνιο AUG και κωδικόνιο τερματισμού. Σε αντίθεση με το cDNA, το CDS δεν περιέχει δύο αμετάφραστες περιοχές: 5' UTR και 3' UTR. Επιπλέον, τα εσώνια δεν περιλαμβάνονται στα CDS.
Εικόνα 01: Ακολουθία κωδικοποίησης
Σε σύγκριση με ολόκληρο το γονιδίωμα και ένα άτομο, οι κωδικοποιητικές αλληλουχίες είναι ένα μικρό κλάσμα. Η κωδικοποιητική αλληλουχία αποτελείται από την απαραίτητη νουκλεοτιδική αλληλουχία για τη δημιουργία της αλληλουχίας αμινοξέων της πρωτεΐνης.
Τι είναι cDNA;
Το cDNA ή το συμπληρωματικό DNA είναι μια αλληλουχία DNA που δημιουργείται από την αλληλουχία mRNA. Συντίθεται με τη διαδικασία που ονομάζεται αντίστροφη μεταγραφή. Το ένζυμο ανάστροφη τρανσκριπτάση καταλύει τη σύνθεση cDNA και η αλληλουχία mRNA δρα ως εκμαγείο για τη σύνθεση cDNA. Βασικά, το mRNA των ευκαρυωτικών κυττάρων μπορεί να εκχυλιστεί και να καθαριστεί για να παραχθεί cDNA. Μετά την κατασκευή του cDNA από mRNA, μπορούν στη συνέχεια να κλωνοποιηθούν σε ένα βακτηριακό κύτταρο προκειμένου να δημιουργηθούν βιβλιοθήκες cDNA. Οι βιβλιοθήκες cDNA είναι σημαντικές για την ανάλυση κωδικοποιητικών περιοχών, γονιδιακών λειτουργιών και έκφρασης γονιδίων κ.λπ.
Εικόνα 02: cDNA
Σε αντίθεση με την κωδικοποιητική αλληλουχία, το cDNA περιέχει δύο UTR, τα οποία είναι 3' UTR και 5' UTR. Παρόμοια με την κωδικοποιητική αλληλουχία, το cDNA δεν περιέχει εσώνια.
Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ CDS και cDNA;
- CDS και cDNA είναι νουκλεϊκά οξέα.
- Είναι κατασκευασμένα από δεοξυριβονουκλεοτίδια.
- Τόσο τα CDS όσο και τα CDNA δεν περιέχουν εσώνια, τα οποία είναι μη κωδικοποιητικές περιοχές.
- Και τα δύο περιέχουν τον γενετικό κώδικα ή πληροφορίες για την παραγωγή μιας πρωτεΐνης.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ CDS και cDNA;
CDS ή κωδικοποιητική αλληλουχία είναι το τμήμα ενός γονιδίου που μεταφράζεται στην πραγματικότητα σε πρωτεΐνη. Από την άλλη πλευρά, η αλληλουχία cDNA είναι μια αλληλουχία DNA που προέρχεται από το mRNA με αντίστροφη μεταγραφή. Έτσι, αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ CDS και cDNA. Εξάλλου, το CDS αποτελείται από εξόνια και δύο κωδικόνια, τα οποία είναι το κωδικόνιο έναρξης και το κωδικόνιο λήξης. Αντίθετα, το cDNA αποτελείται από την πλήρη αλληλουχία mRNA και δύο UTR.
Επιπλέον, η σύνθεση cDNA γίνεται τεχνητά από mRNA με αντίστροφη μεταγραφή ενώ τα CDS βρίσκονται στο γονιδιωματικό DNA.
Το παρακάτω infographic δείχνει περισσότερες συγκρίσεις για να διακρίνει κανείς τη διαφορά μεταξύ CDS και cDNA.
Σύνοψη – CDS vs cDNA
Η κωδικοποιητική αλληλουχία και το cDNA είναι δύο τύποι αλληλουχιών νουκλεοτιδίων. Η κωδικοποιητική αλληλουχία βρίσκεται μέσα σε ένα γονίδιο ενώ το cDNA συντίθεται τεχνητά. Η κωδικεύουσα αλληλουχία έχει εξόνια και δύο κωδικόνια ενώ το cDNA έχει μια αλληλουχία mRNA και δύο UTR. Τόσο το CDS όσο και το cDNA έχουν μόνο τις νουκλεοτιδικές αλληλουχίες που στην πραγματικότητα μεταφράζονται σε πρωτεΐνη. Δεν περιέχουν εσώνια. Σε αντίθεση με το CDS, η διαδικασία σύνθεσης cDNA απαιτεί ένζυμο αντίστροφης μεταγραφάσης. Επίσης, το cDNA μπορεί να μετατραπεί σε βιβλιοθήκες cDNA. Έτσι, αυτό συνοψίζει τη διαφορά μεταξύ CDS και cDNA.
