Βασική διαφορά – Νιτροκυτταρίνη έναντι PVDF
Το Western blotting είναι μια μέθοδος που επιτρέπει την ανίχνευση και τον ποσοτικό προσδιορισμό συγκεκριμένων πρωτεϊνών από ένα δείγμα πρωτεΐνης. Η αξιοπιστία της τεχνικής εξαρτάται από την επιλογή της σωστής μεμβράνης για την απορρόφηση των πρωτεϊνών από το πήκτωμα. Υπάρχουν διάφοροι τύποι μικροπορωδών μεμβρανών. Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης και PVDF είναι δύο τέτοιες μεμβράνες που προτιμούν οι ερευνητές λόγω των ειδικών ιδιοτήτων τους έναντι των άλλων τύπων μεμβρανών. Η επιλογή μεταξύ της νιτροκυτταρίνης ή του PVDF είναι επίσης μια άλλη πρόκληση στο western blotting. Τόσο η νιτροκυτταρίνη όσο και η PVDF έχουν υψηλή ικανότητα απορρόφησης πρωτεϊνών. Η βασική διαφορά μεταξύ της μεμβράνης νιτροκυτταρίνης και PVDF είναι ότι οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης δεν έχουν την ικανότητα να αφαιρούν τα αντισώματα και να επαναχρησιμοποιούν τη μεμβράνη για επανεξέταση αντισωμάτων ενώ οι μεμβράνες PVDF έχουν ικανότητα απογύμνωσης και επαναχρησιμοποίησης.
Τι είναι η νιτροκυτταρίνη;
Η νιτροκυτταρίνη είναι ένα πολυμερές που κατασκευάζεται με επεξεργασία κυτταρίνης με νιτρικό οξύ και χρησιμοποιείται για την κατασκευή μικροπορωδών μεμβρανών στη μοριακή βιολογία, ειδικά για τεχνικές στύπωσης όπως η κηλίδωση Southern, Northern και Western. Τα μεγέθη πόρων των μεμβρανών νιτροκυτταρίνης κυμαίνονται από 3 έως 20 μm. Οι μικροπορώδεις μεμβράνες νιτροκυτταρίνης διευκολύνουν την ανίχνευση ανοσοχημικής αντίδρασης που συμβαίνει στην επιφάνεια της μεμβράνης. Ως εκ τούτου, οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης χρησιμοποιούνται συχνά για την ακινητοποίηση των πρωτεϊνών και την ανίχνευση ειδικών πρωτεϊνών στο western blotting. Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης μπορούν επίσης να ακινητοποιήσουν γλυκοπρωτεΐνες και νουκλεϊκά οξέα.
Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης προτιμώνται σε προσδιορισμούς πλευρικής ροής λόγω πολλών χαρακτηριστικών. Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης απορροφούν πρωτεΐνες σε υψηλή συγκέντρωση. Ο διαλύτης που χρησιμοποιείται για τη διαβροχή της μεμβράνης δεν μειώνει την απορρόφηση της πρωτεΐνης της μεμβράνης νιτροκυτταρίνης. Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης μπορούν εύκολα να κοπούν στο επιθυμητό μέγεθος γέλης και να μεταφέρουν πρωτεΐνες από το πήκτωμα στη μεμβράνη με ηλεκτρική ή τριχοειδή μεταφορά. Η νιτροκυτταρίνη επιτρέπει ταχύτερη ροή πρωτεϊνών μέσω της μεμβράνης με υψηλό δυναμικό δέσμευσης. Η νιτροκυτταρίνη παρουσιάζει βελτιωμένη αντοχή στο χειρισμό. Ένα άλλο ιδιαίτερο χαρακτηριστικό της μεμβράνης νιτροκυτταρίνης είναι ότι μπορεί εύκολα να κολληθεί με αδιάβροχες κόλλες χωρίς διαλύτες σε διάφορα πλαστικά υποστρώματα.
Εικόνα 01: Μεμβράνη νιτροκυτταρίνης για western blotting
Τι είναι το PVDF;
Το διφθοριούχο πολυβινυλιδένιο (PVDF) είναι φθοροπολυμερές που παράγεται από τον πολυμερισμό του διφθοριούχου βινυλιδενίου και έχει υψηλή ικανότητα ακινητοποίησης πρωτεϊνών. Ως εκ τούτου, μικροπορώδεις μεμβράνες κατασκευασμένες από PVDF χρησιμοποιούνται σε τεχνικές western blotting για την ανάλυση συγκεκριμένων πρωτεϊνών από μείγματα πρωτεϊνών. Οι μεμβράνες PVDF μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν για ανάλυση αμινοξέων και προσδιορισμό αλληλουχίας πρωτεϊνών. Το πιο σημαντικό χαρακτηριστικό της μεμβράνης PVDF πάνω από τη μεμβράνη νιτροκυτταρίνης είναι ότι μπορεί εύκολα να αφαιρεθεί από τα αντισώματα και να επαναχρησιμοποιηθεί για επακόλουθους ανιχνευτές αντισωμάτων.
Οι μεμβράνες PVDF είναι παχύτερες από τις μεμβράνες νιτροκυτταρίνης. ως εκ τούτου, πιο ανθεκτικό σε ζημιές κατά την επαναχρησιμοποίηση. Οι μεμβράνες PVDF είναι εξαιρετικά υδρόφοβες. Επομένως, πρέπει να εμποτιστούν με μεθανόλη ή ισοπροπανόλη πριν από τη χρήση.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ νιτροκυτταρίνης και PVDF;
Νιτροκυτταρίνη εναντίον PVDF |
|
| Η νιτροκυτταρίνη είναι ένα πολυμερές που αποτελείται από κυτταρίνη. | Το PVDF είναι ένα φθοροπολυμερές που παράγεται από τον πολυμερισμό του διφθοριούχου βινυλιδενίου. |
| Μέγεθος πόρων μεμβράνης | |
| Τα τυπικά μεγέθη πόρων είναι 0,1, 0,2 ή 0,45μ | Τα τυπικά μεγέθη πόρων είναι 0,1, 0,2 ή 0,45μm |
| Ικανότητα δέσμευσης πρωτεΐνης | |
| Η νιτροκυτταρίνη έχει ικανότητα δέσμευσης πρωτεϊνών από 80 έως 100 μg/cm2. | PVDF έχει ικανότητα δέσμευσης πρωτεΐνης από 170 έως 200 μg/cm2. |
| Ευαισθησία | |
| Αυτό έχει χαμηλή ευαισθησία σε σύγκριση με το PVDF. | Αυτό έχει υψηλή ευαισθησία. |
| Ανίχνευση πρωτεϊνών χαμηλής έκφρασης | |
| Δεδομένου ότι η ευαισθησία είναι χαμηλή στις μεμβράνες νιτροκυτταρίνης, δεν είναι κατάλληλο για ανίχνευση πρωτεϊνών χαμηλής έκφρασης. | Αυτό είναι πιο κατάλληλο για την ανίχνευση πρωτεϊνών χαμηλής έκφρασης λόγω της υψηλής ευαισθησίας του. |
| Θόρυβος παρασκηνίου | |
| Αυτό έχει χαμηλότερο θόρυβο φόντου | Αυτό έχει υψηλότερο θόρυβο φόντου. |
| Αλληλεπιδράσεις με Πρωτεΐνες | |
| Μόρια πρωτεΐνης συνδέονται με μεμβράνες νιτροκυτταρίνης μέσω υδρόφοβων αλληλεπιδράσεων. | Οι πρωτεΐνες συνδέονται με τις μεμβράνες PVDF μέσω υδρόφοβων και διπολικών αλληλεπιδράσεων. |
| Φύση της μεμβράνης | |
| Η νιτροκυτταρίνη είναι εύθραυστη και εύθραυστη. Ωστόσο, υπάρχουν διαθέσιμες εκδόσεις νιτροκυτταρίνης και είναι ανθεκτικές. | Το PVDF είναι πιο ανθεκτικό και έχει υψηλότερη χημική αντοχή. |
| Δυνατότητα απογύμνωσης και επαναχρησιμοποίησης | |
| Η νιτροκυτταρίνη μπορεί να έχει δυσκολία στην απογύμνωση και την εκ νέου ανίχνευση χωρίς να χάσει το σήμα. | Το PVDF είναι ιδανικό για επαναληπτική ανίχνευση και αλληλουχία εφαρμογών. |
| Καταλληλότητα | |
| Η νιτροκυτταρίνη είναι ιδανική για την ανίχνευση πρωτεϊνών χαμηλού μοριακού βάρους. | Το PVDF είναι πιο κατάλληλο για την ανίχνευση πρωτεϊνών υψηλότερου μοριακού βάρους. |
| Άλλες χρήσεις | |
| Η νιτροκυτταρίνη μπορεί να χρησιμοποιηθεί για ανάλυση νουκλεϊκού οξέος και στύπωμα κουκκίδων/σχισμής. | Το PVDF μπορεί να χρησιμοποιηθεί για προσδιορισμό αλληλουχίας πρωτεϊνών και συστήματα προσδιορισμού στερεάς φάσης. |
| Κόστος | |
| Αυτό είναι φθηνότερο από τις μεμβράνες PVDF. | Αυτό είναι πιο ακριβό από τις μεμβράνες νιτροκυτταρίνης. |
| Ανάγκη για προ-βρέξιμο | |
| Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης δεν απαιτούν προεμποτισμό με μεθανόλη | Οι μεμβράνες PVDF απαιτούν προεμποτισμό με μεθανόλη. |
Σύνοψη – Νιτροκυτταρίνη εναντίον PVDF
Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης ήταν οι πρώτες μεμβράνες που χρησιμοποιήθηκαν στο εμπόριο για τον προσδιορισμό πλευρικής ροής. Έχουν υψηλή ικανότητα απορρόφησης πρωτεϊνών. Ως εκ τούτου, οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης χρησιμοποιούνται στο western blotting. Το PVDF είναι ένας άλλος τύπος μεμβράνης που χρησιμοποιείται στο western blotting και έχει επίσης υψηλή ικανότητα απορρόφησης πρωτεΐνης. Και οι δύο τύποι χρησιμοποιούνται στο western blotting για ανάλυση πρωτεϊνών. Ωστόσο, οι μεμβράνες PVDF έχουν πιο ειδικά χαρακτηριστικά, καθιστώντας τις πιο κατάλληλες από τις μεμβράνες νιτροκυτταρίνης για western blotting. Όμως, οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης είναι πιο κατάλληλες για την ανίχνευση πρωτεϊνών χαμηλού μοριακού βάρους, οι μεμβράνες PVDF είναι πιο κατάλληλες για την ανίχνευση πρωτεϊνών υψηλού μοριακού βάρους. Αυτή είναι η διαφορά μεταξύ των μεμβρανών νιτροκυτταρίνης και PVDF.
