Βασική διαφορά – Νιτροκυτταρίνη εναντίον Νάιλον μεμβράνης
Η αποτύπωση είναι μια σημαντική τεχνική για την ανίχνευση συγκεκριμένων αλληλουχιών DNA, RNA και πρωτεϊνών από τα μείγματά τους στη μοριακή βιολογία. Γίνεται χρησιμοποιώντας μια μεμβράνη που ονομάζεται blot. Υπάρχουν διάφορες τεχνικές blotting όπως η βόρεια, η νότια και η western blotting. Η επιλογή της κατάλληλης μεμβράνης για τη διαδικασία στύπωσης θα πρέπει να γίνει προσεκτικά για να αποφευχθεί η μη ειδική δέσμευση και οι εσφαλμένες ανιχνεύσεις. Η νιτροκυτταρίνη, το νάιλον και το PVDF είναι μεμβράνες που χρησιμοποιούνται συνήθως σε τεχνικές στύπωσης. Έχουν διαφορετικά χαρακτηριστικά. Η βασική διαφορά μεταξύ μεμβράνης νιτροκυτταρίνης και νάιλον είναι ότι οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης έχουν υψηλό δυναμικό ακινητοποίησης πρωτεΐνης ενώ οι μεμβράνες νάιλον έχουν υψηλό δυναμικό ακινητοποίησης νουκλεϊκού οξέος. Ωστόσο, και οι δύο τύποι μεμβρανών χρησιμοποιούνται συχνά σε τεχνικές στύπωσης.
Τι είναι η μεμβράνη νιτροκυτταρίνης;
Η μεμβράνη νιτροκυτταρίνης είναι ένα ευρέως χρησιμοποιούμενο φίλτρο μεμβράνης σε τεχνικές αποτύπωσης νουκλεϊκού οξέος και πρωτεΐνης. Έχει υψηλό δυναμικό δέσμευσης πρωτεϊνών. Ως εκ τούτου, οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης χρησιμοποιούνται ευρέως στην τεχνική western blotting. Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης είναι συμβατές με όλες τις τεχνικές υβριδισμού και παρουσιάζουν ανώτερες ικανότητες δέσμευσης χωρίς παρεμβολές. Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης είναι εκ φύσεως υδρόφιλες. Κάνουν υδρόφιλη αλληλεπίδραση με μόρια και τα ακινητοποιούν αποτελεσματικά πάνω στη μεμβράνη. Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης του εμπορίου διατίθενται σε δύο μεγέθη πόρων: 0,45 και 0,2 μm.
Εικόνα 01: Μεμβράνη νιτροκυτταρίνης που χρησιμοποιείται στο western blotting
Τι είναι μια νάιλον μεμβράνη;
Η μεμβράνη νάιλον είναι ένας άλλος τύπος εμπορικής μεμβράνης που χρησιμοποιείται σε τεχνικές στύπωσης. Εναλλακτικά χρησιμοποιείται με μεμβράνες νιτροκυτταρίνης για στύπωμα Southern και Northern. Οι μεμβράνες από νάιλον είναι ιδανικές για στύπωμα Southern από τη νιτροκυτταρίνη λόγω της υψηλής συγγένειάς τους στη σύνδεση με το DNA. Λόγω πολλών μοναδικών χαρακτηριστικών των μεμβρανών νάιλον, οι ερευνητές χρησιμοποιούν συνήθως μεμβράνες νάιλον για στύπωμα νότιας και βόρειας αντί για μεμβράνη νιτροκυτταρίνης. Οι μεμβράνες από νάιλον συνιστώνται επίσης για απογύμνωση και ανίχνευση, σε αντίθεση με τη νιτροκυτταρίνη.
Εικόνα 02: Νάιλον μεμβράνη που χρησιμοποιείται για στύπωμα Southern
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ νιτροκυτταρίνης και νάιλον μεμβράνης;
Νιτροκυτταρίνη εναντίον νάιλον μεμβράνης |
|
| Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης είναι εύθραυστες. | Οι μεμβράνες από νάιλον είναι λιγότερο εύθραυστες. |
| Handling | |
| Είναι δύσκολο να τα χειριστείς. | Είναι εύκολο στο χειρισμό. |
| Reprobing | |
| Οι μη υποστηριζόμενες μεμβράνες νιτροκυτταρίνης είναι δύσκολο να ανιχνευτούν ξανά. | Η επανεξέταση είναι εύκολη με νάιλον μεμβράνες. |
| Συμβατότητα με διάφορες συνθήκες αποθήκευσης | |
| Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης έχουν λιγότερη αντοχή για να αντέχουν σε διάφορες συνθήκες αποθήκευσης. | Οι μεμβράνες από νάιλον ανταποκρίνονται πιο σθεναρά σε διάφορες συνθήκες αποθήκευσης. |
| Χρήση | |
| Απαιτείται προβροχή. | Δεν απαιτείται προδιαβροχή για νάιλον μεμβράνες. |
| Υδρόφιλη φύση | |
| Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης είναι υδρόφιλες στη φύση τους, αλλά είναι λιγότερο υδρόφιλες από τις μεμβράνες νάιλον. | Είναι πολύ υδρόφιλα στη φύση τους. |
| Δυνατότητα ακινητοποίησης | |
| Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης έχουν μικρότερη συγγένεια για τα νουκλεϊκά οξέα. Αλλά έχει υψηλή συγγένεια με τις πρωτεΐνες. | Οι μεμβράνες νάιλον έχουν υψηλό δυναμικό δέσμευσης με νουκλεϊκά οξέα από τις μεμβράνες νιτροκυτταρίνης. |
Σύνοψη – Νιτροκυτταρίνη vs Nylon Membrane
Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης και νάιλον είναι ειδικά φύλλα που χρησιμοποιούνται στην τεχνική blotting για την αναπαραγωγή του σχεδίου ζωνών στο πήκτωμα. Δίνουν τη δυνατότητα ανίχνευσης μιας συγκεκριμένης αλληλουχίας ή μιας πρωτεΐνης από τα μείγματα ακινητοποιώντας τα στη μεμβράνη. Μόλις τα μόρια ακινητοποιηθούν στη μεμβράνη, μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως υπόστρωμα για ανάλυση υβριδισμού με επισημασμένους ανιχνευτές. Η μεμβράνη νιτροκυτταρίνης χρησιμοποιείται συνήθως για την ανίχνευση πρωτεϊνών στην τεχνική western blotting λόγω της υψηλής συγγένειάς της με τις πρωτεΐνες. Οι μεμβράνες νάιλον χρησιμοποιούνται συχνά για νότια και βόρεια κηλίδωση. Αυτή είναι η διαφορά μεταξύ της μεμβράνης νιτροκυτταρίνης και νάιλον.
