Διαφορά μεταξύ βενζονάσης και DNase

2024 Συγγραφέας: Alex Aldridge | [email protected]. Τελευταία τροποποίηση: 2023-12-17 13:36

Βασική διαφορά – Benzonase vs DNase

Η αποικοδόμηση των νουκλεϊκών οξέων είναι σημαντική για πολλές τεχνικές μοριακής βιολογίας. Χρησιμοποιείται ευρέως στην τεχνολογία ανασυνδυασμένου DNA για να απαλλαγούμε από ανεπιθύμητα θραύσματα DNA και RNA. Τα ένζυμα αποικοδόμησης νουκλεϊκών οξέων αναφέρονται ως νουκλεάσες και μπορούν να είναι διαφορετικών τύπων με βάση την απαιτούμενη λειτουργία. Οι νουκλεάσες που αποικοδομούν το DNA είναι γνωστές ως DNases ενώ αυτές που αποικοδομούν το RNA είναι γνωστές RNases. Αυτά τα ένζυμα χρησιμοποιούνται κυρίως σε πειράματα in vitro όπου πραγματοποιούνται in vitro μοριακές δοκιμές για την απομόνωση καθαρού DNA, RNA ή πρωτεϊνών. Οι βενζονάσες είναι ένας τύπος νουκλεασών που αποικοδομούν τόσο το DNA όσο και το RNA ενώ οι DNase αποικοδομούν μόνο το DNA. Αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ της βενζονάσης και της DNase.

Τι είναι η βενζονάση;

Η Benzonase is είναι μια γενετικά τροποποιημένη ενδονουκλεάση από τη Serratia marcescens. Αυτό το ένζυμο παράγεται σε ξενιστές E. coli σε βιομηχανική κλίμακα. Η βενζονάση είναι ικανή να διασπάσει δίκλωνο DNA, γραμμικό DNA, κυκλικό DNA και μονόκλωνο RNA. Έτσι η βενζονάση είναι εμπορικά σημαντική. Το ένζυμο βενζονάση είναι ένα διμερές πρωτεΐνης που έχει 245 πανομοιότυπα αμινοξέα, υπομονάδες ~30 kDa με δύο βασικούς δισουλφιδικούς δεσμούς. Η βενζονάση διασπά τα νουκλεϊκά οξέα στο 5' άκρο της και καταλήγει σε θραύσματα με ελεύθερα 5' άκρα. Η βενζονάση μπορεί να διασπάσει νουκλεϊκά οξέα σε οποιαδήποτε αλληλουχία, αλλά προτιμά περιοχές πλούσιες σε GC.

Η

Benzonase αποθηκεύεται στους -20 ^{0C. Το βέλτιστο pH για την ενζυμική δραστηριότητα βρέθηκε να είναι 8,0 – 9,2. Οι εφαρμογές της Βενζονάσης περιλαμβάνουν την προετοιμασία δειγμάτων για ηλεκτροφόρηση γέλης πρωτεΐνης 2D όπου η βενζονάση αφαιρεί τα δεσμευμένα νουκλεϊκά οξέα και την αφαίρεση μολυσματικών ουσιών νουκλεϊκού οξέος από παρασκευάσματα ανασυνδυασμένης πρωτεΐνης. Χρησιμοποιείται επίσης για τη μείωση του ιξώδους των πρωτεϊνικών εκχυλισμάτων και την πρόληψη της συσσώρευσης των κυττάρων σε ένα μείγμα κυττάρων.}

Τι είναι το DNase;

Η DNase είναι μια νουκλεάση, υδρολυτικό ένζυμο που είναι ικανό να διασπάσει μόνο δίκλωνο DNA. Υπάρχουν δύο κύριοι τύποι DNase: DNase I και DNase II. Η DNase I συμμετέχει στη διάσπαση του δίκλωνου DNA για την παραγωγή πολυνουκλεοτιδίων με 5' ελεύθερα άκρα. Η DNase II εμπλέκεται στη διάσπαση του δίκλωνου DNA για την παραγωγή πολυνουκλεοτιδικών κλώνων με 3' ελεύθερα άκρα ή προεξοχές.

DNase I

Η

DNase I λειτουργεί σε βέλτιστο pH μεταξύ 7,0 – 8,0. Η ενζυμική δραστηριότητα εξαρτάται από πολλούς ιοντικούς συμπαράγοντες που περιλαμβάνουν, Ca²⁺, Mg²⁺ ή Mn^{2+Η δραστηριότητα του Mg}2+ ^{και Mn}2+ ^{αποφασίζει τη λειτουργία της DNase I. Παρουσία Mg} 2+^{, η DNase I διασπά κάθε κλώνο του dsDNA ανεξάρτητα. Αυτό γίνεται με τυχαίο τρόπο. Αντίθετα, παρουσία Mn}2+, ^{το ένζυμο διασπά και τους δύο κλώνους DNA περίπου στην ίδια θέση. Αυτή η διάσπαση θα έχει ως αποτέλεσμα την παραγωγή δύο τύπων θραυσμάτων DNA. ένας τύπος με αμβλεία άκρα και ένας άλλος τύπος με ένα ή δύο προεξοχές νουκλεοτιδίων.}

Εικόνα 02: DNase

DNase II

Η DNase II λειτουργεί σε βέλτιστο pH 4,5-5,0 και απαιτούνται δισθενή ιόντα μετάλλων για τη δραστηριότητά της, παρόμοια με τη DNase I. Ο μηχανισμός της DNase II είναι γνωστό ότι αποτελείται από τρία κύρια στάδια.

1. Παράγονται πολλαπλά σπασίματα μονής έλικος εντός της ραχοκοκαλιάς του DNA.
2. Παράγονται διαλυτά σε οξύ νουκλεοτίδια και ολιγονουκλεοτίδια.
3. Μη γραμμική υπερχρωμική μετατόπιση εμφανίζεται στην τελευταία φάση.

Οι κύριοι αναστολείς του ενζύμου DNase περιλαμβάνουν χηλικές ουσίες μετάλλων, μέταλλα μεταπτώσεως και χημικές ουσίες όπως δωδεκυλοθειικό νάτριο και β-μερκαπτοαιθανόλη.

Οι κύριες εφαρμογές της DNase περιλαμβάνουν την παρασκευή εκχυλισμάτων RNA και πρωτεϊνικών εκχυλισμάτων χωρίς DNA και την αφαίρεση του προτύπου DNA κατά τη διάρκεια πειραμάτων in vitro μεταγραφής.

Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ βενζονάσης και DNase;

• Και τα δύο είναι υδρολυτικά ένζυμα.
• Και οι δύο είναι νουκλεάσες.
• Και τα δύο συμμετέχουν διασπώντας τους φωσφοδιεστερικούς δεσμούς των νουκλεϊκών οξέων.
• Και τα δύο απαιτούν βέλτιστο pH και θερμοκρασίες αποθήκευσης για να διατηρηθεί η δραστηριότητα του ενζύμου.
• Οι αναστολείς των ενζύμων περιλαμβάνουν χηλικούς παράγοντες, μέταλλα μετάπτωσης και χημικές ουσίες απορρυπαντικών.
• Οι εφαρμογές επικεντρώνονται κυρίως στη λήψη εκχυλισμάτων DNA, RNA και πρωτεϊνών υψηλής καθαρότητας.
• Και τα δύο ένζυμα μπορούν να παραχθούν μέσω γενετικής μηχανικής.

Ποια είναι η διαφορά μεταξύ βενζονάσης και DNase;

Benzonase vs DNase
Η βενζονάση είναι ένα ένζυμο που είναι ικανό να διασπά δίκλωνο DNA, γραμμικό DNA, κυκλικό DNA και RNA.	Η DNase είναι ένα ένζυμο που είναι ικανό να διασπά το δίκλωνο DNA.
Υπόστρωμα για το ένζυμο
Τόσο το DNA όσο και το RNA είναι υποστρώματα για τη βενζονάση.	DNA είναι το υπόστρωμα για την DNase.
Δομή
Το βέλτιστο εύρος pH της βενζονάσης είναι 7,0 -8,0	Το βέλτιστο εύρος pH της DNase I είναι 7,0 – 8,0 και της DNase II είναι 4,5 – 5,0.

Σύνοψη – Benzonase vs DNase

Τα ένζυμα νουκλεάσης χρησιμοποιούνται ευρέως σε διαφορετικές πειραματικές διαδικασίες όσον αφορά τη μοριακή βιολογία και τη γενετική μηχανική. Η βενζονάση και η DNase είναι δύο τύποι νουκλεασών. Η βενζονάση εμπλέκεται στην αποικοδόμηση τόσο του DNA όσο και του RNA ενώ η DNase εμπλέκεται στη διάσπαση του δίκλωνου DNA. Αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ βενζονάσης και DNase. Προς το παρόν, και οι δύο αυτοί τύποι νουκλεάσων παράγονται μέσω τεχνολογίας ανασυνδυασμένου DNA που αποδίδει υψηλότερης ποιότητας ένζυμα που είναι βελτιστοποιημένα για μέγιστη παραγωγή.

Λήψη έκδοσης PDF του Benzonase vs DNase

Μπορείτε να κατεβάσετε την έκδοση PDF αυτού του άρθρου και να τη χρησιμοποιήσετε για σκοπούς εκτός σύνδεσης σύμφωνα με τη σημείωση παραπομπής. Κάντε λήψη της έκδοσης PDF εδώ Διαφορά μεταξύ βενζονάσης και DNase