Η βασική διαφορά μεταξύ στοχευμένης και μη στοχευμένης πρωτεϊνικής είναι ότι η στοχευμένη πρωτεϊνική στοχεύει στη μέτρηση της αφθονίας μιας συγκεκριμένης πρωτεΐνης ενώ η μη στοχευμένη πρωτεϊνική δεν στοχεύει μια συγκεκριμένη πρωτεΐνη.
Πρωτεομική είναι η μεγάλης κλίμακας μελέτη των πρωτεϊνών, των δομών και των λειτουργιών τους. Μελετά ολόκληρο το πρωτεϊνικό συμπλήρωμα σε ένα κύτταρο, έναν ιστό ή έναν οργανισμό υπό συγκεκριμένες συνθήκες. Υπάρχουν δύο τύποι πρωτεωμικών, όπως η στοχευμένη πρωτεομική και η μη στοχευμένη πρωτεομική.
Τι είναι το Targeted Proteomics;
Όπως υποδηλώνει το όνομά του, η στοχευμένη πρωτεϊνική στοχεύει μια συγκεκριμένη πρωτεΐνη ή ένα πεπτίδιο σε ένα σύνθετο μείγμα πρωτεϊνών για ανάλυση. Στη συνέχεια αναλύει την παρουσία και την ποσότητα αυτής της προεπιλεγμένης ειδικής πρωτεΐνης. Αυτή η μέθοδος είναι δυνατή για ένα μόνο δείγμα ή σε πολλά δείγματα. Αυτή η μέθοδος είναι κατάλληλη ακόμη και για μια συγκεκριμένη ομάδα πρωτεϊνών. Έχει ως αποτέλεσμα πιο ακριβή, ποσοτικά και ευαίσθητα δεδομένα. Επιπλέον, η φασματομετρία μάζας σε συνδυασμό με στοχευμένα πρωτεομικά παράγει πιο ακριβείς αξιόπιστες μετρήσεις. Αυτή η μέθοδος χρησιμοποιεί τριπλό τετραπολικό φασματόμετρο μάζας (QQQ) για την ανάλυσή της.
Εικόνα 01: Proteomics
Η στοχευμένη πρωτεομική είναι μια κατάλληλη μέθοδος εάν θέλετε να επαληθεύσετε εάν ένας στόχος knockdown έχει όντως καταρριφθεί ή όταν θέλετε να ποσοτικοποιήσετε μια συγκεκριμένη πρωτεΐνη/πεπτίδιο στον ορό αίματος, το εγκεφαλικό υγρό ή το κυτταρόλυμα κ.λπ. χρησιμοποιήστε το εάν θέλετε να ελέγξετε εάν μια συγκεκριμένη πρωτεΐνη εκφράζεται διαφορετικά σε δείγματα ή κατά τη διάρκεια ενός πειράματος χρονικής πορείας.
Τι είναι η Untargeted Proteomics;
Η μη στοχευμένη πρωτεομική, όπως αναφέρει το όνομα, δεν στοχεύει μια συγκεκριμένη πρωτεΐνη ή πεπτίδιο για την ανάλυσή της. Το Discovery Proteomics είναι ένα άλλο όνομα για την Untargeted Proteomics. Στην πραγματικότητα, είναι μια πιο «παγκόσμια» ανάλυση. Γενικά, η εκτέλεση μη στοχευμένης πρωτεομικής είναι να απαντηθεί η ερώτηση "τι πρωτεΐνη ή ποιες πρωτεΐνες υπάρχουν σε αυτό το δείγμα ή σε πολλαπλά δείγματα;". Αυτή η μέθοδος δεν είναι ευαίσθητη ως στοχευμένη πρωτεομική. Αλλά μπορεί να αναγνωρίσει και να μετρήσει πολλές πρωτεΐνες, συμπεριλαμβανομένων των νέων πρωτεϊνών. Η μη στοχευμένη πρωτεομική μπορεί να παράγει τόσο ποσοτικές όσο και ποιοτικές μετρήσεις.
Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ στοχευμένων και μη στοχευμένων πρωτεομικών;
- Τόσο οι στοχευμένες όσο και οι μη στοχευμένες πρωτεϊνικές μετρούν τις πρωτεΐνες στα δείγματα.
- Είναι σημαντικά στην ανάλυση πρωτεώματος.
- Αυτές οι μέθοδοι χρησιμοποιούν φασματομετρία μάζας.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ στοχευμένων και μη στοχευμένων πρωτεομικών;
Πρώτον, στοχευμένη πρωτεϊνική είναι ο προσδιορισμός της παρουσίας και της ποσότητας μιας συγκεκριμένης πρωτεΐνης ή πεπτιδίου σε πολύπλοκο μείγμα πρωτεϊνών. Αντίθετα, η μη στοχευμένη πρωτεϊνική είναι η ποσοτική και ποιοτική μελέτη των πρωτεϊνών που υπάρχουν σε ένα δείγμα ή δείγματα χωρίς να στοχεύουν μια συγκεκριμένη πρωτεΐνη. Η στοχευμένη πρωτεϊνική εκτελείται με προεπιλεγμένες ή στοχευμένες πρωτεΐνες, ενώ η μη στοχευμένη πρωτεϊνική εκτελείται για να ανακαλύψει τους τύπους πρωτεϊνών σε αυτό το δείγμα. Επιπλέον, η στοχευμένη πρωτεομική είναι πιο ευαίσθητη από τη μη στοχευμένη πρωτεομική.
Σύνοψη – Targeted vs Untargeted Proteomics
Για να συνοψίσουμε, η στοχευμένη και η μη στοχευμένη πρωτεϊνική είναι δύο τύποι πρωτεϊνικών μελετών. Όπως υποδηλώνουν τα ονόματά τους, η στοχευμένη πρωτεϊνική στοχεύει μια συγκεκριμένη πρωτεΐνη ενώ η μη στοχευμένη πρωτεϊνική δεν στοχεύει μια συγκεκριμένη πρωτεΐνη. Αυτή είναι η διαφορά μεταξύ στοχευμένης και μη στοχευμένης πρωτεϊνικής.
