Η βασική διαφορά μεταξύ των ανιχνευτών DNA και RNA είναι ότι οι ανιχνευτές DNA είναι θραύσματα DNA που είναι συμπληρωματικά με τις αλληλουχίες νουκλεοτιδίων-στόχων ενώ οι ανιχνευτές RNA είναι τμήματα μονόκλωνου RNA που είναι συμπληρωματικές αλληλουχίες νουκλεϊκού οξέος αλληλουχιών στόχου.
Ένας ανιχνευτής είναι μια τεχνητά συντιθέμενη σύντομη αλληλουχία DNA ή RNA που θα μπορούσε να επισημανθεί ραδιενεργά ή με μη ραδιενεργά μόρια. Μπορεί να έχει μήκος από 100 έως 1000 βάσεις. Οι ανιχνευτές είναι χρήσιμοι στην ανίχνευση αλληλουχιών νουκλεοτιδίων-στόχων που είναι συμπληρωματικές προς την αλληλουχία του ανιχνευτή. Μόλις προστεθούν, οι ανιχνευτές υβριδοποιούνται με τις συμπληρωματικές αλληλουχίες ή τις αλληλουχίες-στόχους και καθιστούν ορατούς την αναγνώριση των αλληλουχιών-στόχων, καθώς φέρει ραδιενέργεια. Οι ανιχνευτές είναι σημαντικά μοριακά εργαλεία για πολλούς μικροβιακούς και μοριακούς τομείς όπως η ανίχνευση γενετικών ασθενειών, η ιολογία, η εγκληματολογική παθολογία, ο έλεγχος πατρότητας, το δακτυλικό αποτύπωμα DNA, το RFLP, η μοριακή κυτταρογενετική, ο υβριδισμός in situ κ.λπ.
Τι είναι οι ανιχνευτές DNA;
Οι Οι ανιχνευτές DNA είναι μονόκλωνα τμήματα DNA. Μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την ανίχνευση της παρουσίας συμπληρωματικών αλληλουχιών νουκλεϊκών οξέων (αλληλουχίες στόχου) με υβριδισμό. Μόλις ένας ανιχνευτής DNA υβριδοποιηθεί με τη συμπληρωματική αλληλουχία του, σχηματίζει ένα δίκλωνο υβρίδιο. Προκειμένου να ανιχνευθούν, οι ανιχνευτές DNA είναι γενικά επισημασμένοι με ραδιοϊσότοπα, βιοτίνη, επίτοπους ή φθοροφόρα. Οι ανιχνευτές DNA που έχουν επισημανθεί με βιοτίνη μπορούν να ανιχνευθούν με σημασμένη με στρεπταβιδίνη αλκαλική φωσφατάση με διάφορες ενζυμικές και χημικές μεθόδους.
Εικόνα 01: Ανιχνευτής DNA
Η νουκλεοτιδική αλληλουχία του ανιχνευτή DNA είναι γνωστή. Είναι σύντομες ακολουθίες με μήκος από 100 έως 1000 ζεύγη βάσεων. Μακροί ανιχνευτές DNA μπορούν να δημιουργηθούν με τεχνολογία ανασυνδυασμένου DNA. Μπορούν επίσης να δημιουργηθούν με PCR και κλωνοποίηση. Στα εργαστήρια κλινικής μικροβιολογίας, οι ανιχνευτές DNA είναι άμεσα διαθέσιμοι για την ταχεία διάγνωση μολυσματικών ασθενειών.
Τι είναι οι ανιχνευτές RNA;
Οι ανιχνευτές RNA είναι μονόκλωνες εκτάσεις RNA. Είναι συμπληρωματικές αλληλουχίες σε αλληλουχίες στόχου στο δείγμα. Συνήθως συντίθενται με τις RNA πολυμεράσες από βακτηριοφάγους SP6, T7 ή T3 με in vitro μεταγραφή του DNA. Μακροί ανιχνευτές RNA μπορούν να δημιουργηθούν με in vitro μεταγραφή από γραμμικοποιημένο πλασμιδιακό DNA. Γενικά, οι ανιχνευτές RNA συνδέονται ισχυρά και πιο σφιχτά στις συμπληρωματικές αλληλουχίες τους από τους ανιχνευτές DNA. Παρόμοια με τους ανιχνευτές DNA, οι ανιχνευτές RNA μπορούν επίσης να επισημανθούν ενώ μεταγράφονται.
Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ των ανιχνευτών DNA και RNA;
- Και οι ανιχνευτές DNA και RNA είναι μονόκλωνες αλληλουχίες νουκλεοτιδίων.
- Και τα δύο έχουν σχεδιαστεί και συντεθεί τεχνητά.
- Επιπλέον, μπορούν να επισημανθούν με ραδιοϊσότοπα, επίτοπους, βιοτίνη ή φθοροφόρα.
- Έχουν ισχυρή συγγένεια προς μια συγκεκριμένη αλληλουχία στόχου DNA ή RNA.
- Χρησιμοποιούνται σε διάφορες τεχνικές αποτύπωσης και in situ υβριδισμού για την ανίχνευση αλληλουχιών νουκλεϊκών οξέων-στόχων.
- Και οι δύο τύποι ανιχνευτών μπορούν να υβριδοποιηθούν με τις συμπληρωματικές αλληλουχίες τους.
- Χρησιμοποιούνται επίσης για την αναγνώριση μικροοργανισμών και τη διάγνωση μολυσματικών, κληρονομικών και άλλων ασθενειών.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ των ανιχνευτών DNA και RNA;
Ο ανιχνευτής DNA είναι μια μικρή έκταση DNA που είναι συμπληρωματική προς την αλληλουχία στόχο. Από την άλλη πλευρά, ο ανιχνευτής RNA είναι μια μικρή μονόκλωνη έκταση RNA συμπληρωματική προς την αλληλουχία στόχο. Έτσι, αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ των ανιχνευτών DNA και RNA. Επιπλέον, οι ανιχνευτές DNA περιέχουν A, T, C και G ενώ οι ανιχνευτές RNA περιέχουν A, U, C και G.
Επιπλέον, μια περαιτέρω διαφορά μεταξύ των ανιχνευτών DNA και RNA είναι η θερμοδυναμική τους σταθερότητα. Οι ανιχνευτές RNA δείχνουν μεγαλύτερη θερμοδυναμική σταθερότητα σε σύγκριση με τους ανιχνευτές DNA.
Στο παρακάτω infographic παρουσιάζονται σε πίνακα οι σημαντικές διαφορές μεταξύ των ανιχνευτών DNA και RNA.
Σύνοψη – Ανιχνευτές DNA έναντι RNA
Ένας ανιχνευτής είναι ένα μικρό θραύσμα DNA ή RNA που χρησιμοποιείται για την ανίχνευση της παρουσίας μιας συγκεκριμένης αλληλουχίας στο δείγμα DNA ή RNA με μοριακό υβριδισμό. Οι ανιχνευτές DNA είναι μικρά μονόκλωνα θραύσματα DNA ενώ οι ανιχνευτές RNA είναι κοντές μονόκλωνες αλληλουχίες RNA. Είναι γνωστές ακολουθίες. Η θερμοδυναμική σταθερότητα είναι μεγαλύτερη στους ανιχνευτές RNA από τους ανιχνευτές DNA. Οι ανιχνευτές RNA συνδέονται στενά με τις συμπληρωματικές αλληλουχίες τους από ότι οι ανιχνευτές DNA συνδέονται. Έτσι, αυτό συνοψίζει τη διαφορά μεταξύ των ανιχνευτών DNA και RNA.
