Η βασική διαφορά μεταξύ μοριακής σύνδεσης και βαθμολόγησης είναι ότι η σύνδεση είναι μια τεχνική που χρησιμοποιείται για τον προσδιορισμό της συγγένειας δέσμευσης μεταξύ δύο μορίων, ενώ η βαθμολόγηση είναι μια διαδικασία αξιολόγησης μιας συγκεκριμένης στάσης μετρώντας τον αριθμό των ευνοϊκών διαμοριακών αλληλεπιδράσεων.
Οι όροι molecular docking και scoring χρησιμοποιούνται στον τομέα της μοριακής μοντελοποίησης. Η μοριακή μοντελοποίηση είναι μια τεχνική που χρησιμοποιείται για τον προσδιορισμό των πιθανών διατάξεων διαφορετικών μορίων σε μια δεδομένη ουσία. Αυτή η τεχνική είναι σημαντική για τη δημιουργία νέων σταθερών ενώσεων.
Τι είναι το Molecular Docking;
Η μοριακή σύνδεση είναι μια υπολογιστική προσομοίωση της δέσμευσης ενός υποψήφιου συνδετήρα σε έναν υποδοχέα. Αυτή η μέθοδος προβλέπει τον προτιμώμενο προσανατολισμό ενός μορίου σε ένα άλλο μόριο όταν συνδέονται μεταξύ τους για να σχηματίσουν ένα σταθερό σύμπλοκο. Τα αποτελέσματα που λαμβάνονται από αυτή την τεχνική μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την πρόβλεψη της ισχύος της σύνδεσης ή της συγγένειας σύνδεσης μεταξύ δύο μορίων. Εδώ, η συνάρτηση μοριακής βαθμολόγησης είναι επίσης σημαντική.
Εικόνα 01: Ένα απλό διάγραμμα που δείχνει τη διαδικασία των μοριακών αλληλεπιδράσεων σε βιολογικά συστήματα
Γενικά, αυτή η τεχνική λαμβάνει υπόψη τα βιολογικά σχετικά μόρια όπως πρωτεΐνες, πεπτίδια, νουκλεϊκά οξέα, υδατάνθρακες και λιπίδια. Αυτά τα μόρια είναι πολύ σημαντικά και παίζουν σημαντικό ρόλο στους μηχανισμούς μεταγωγής σήματος στο σώμα μας. Επομένως, ο προσανατολισμός των δύο μορίων που πρόκειται να συνδεθούν για αυτή τη διαδικασία μεταγωγής σήματος επηρεάζει τον τύπο του σήματος που παράγεται εδώ. Αυτό σημαίνει; Η μοριακή σύνδεση είναι σημαντική για τον προσδιορισμό τόσο της ισχύος όσο και του τύπου του σήματος που παράγεται κατά τη μεταγωγή σήματος σε βιολογικά συστήματα.
Επιπλέον, οι τεχνικές μοριακής σύνδεσης είναι σημαντικές για το σχεδιασμό φαρμάκων που βασίζονται στη δομή. Αυτό οφείλεται στην προβλεψιμότητα της διαμόρφωσης δέσμευσης μικρών μορίων, όπως προσδεμάτων, σε μια κατάλληλη θέση δέσμευσης.
Τι είναι η μοριακή βαθμολογία;
Η μοριακή βαθμολόγηση είναι ένας τύπος μαθηματικής συνάρτησης που είναι χρήσιμη για την αξιολόγηση της προόδου της μοριακής σύνδεσης. Στον τομέα της υπολογιστικής χημείας, οι συναρτήσεις βαθμολόγησης χρησιμοποιούνται για την πρόβλεψη της συγγένειας δέσμευσης μεταξύ δύο μορίων μετά τη διαδικασία σύνδεσης. Για παράδειγμα, εάν έχουμε ένα μικρό μόριο ενός φαρμάκου σωματιδίων και υπάρχει ένας βιολογικός στόχος όπως μια πρωτεΐνη, μπορούμε να αξιολογήσουμε τη συγγένεια του φαρμάκου προς τη θέση δέσμευσης. Επιπλέον, η μοριακή βαθμολόγηση μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την πρόβλεψη των διαμοριακών αλληλεπιδράσεων μεταξύ δύο πρωτεϊνών ή μεταξύ μιας πρωτεΐνης και μορίων DNA.
Εικόνα 02: Συνάρτηση βαθμολογίας συνοπτικά
Η κύρια εφαρμογή της μοριακής βαθμολόγησης είναι στις διαδικασίες σχεδιασμού φαρμάκων-για παράδειγμα, εικονικός έλεγχος, de novo σχεδιασμός, βελτιστοποίηση μολύβδου κ.λπ.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ του Molecular Docking και του Scoring;
Η μοριακή σύνδεση και η βαθμολόγηση είναι σημαντικές στη μοριακή μοντελοποίηση. Η βασική διαφορά μεταξύ της μοριακής σύνδεσης και της βαθμολόγησης είναι ότι η σύνδεση είναι μια τεχνική που χρησιμοποιείται για τον προσδιορισμό της συγγένειας δέσμευσης μεταξύ δύο μορίων, ενώ η βαθμολόγηση είναι μια διαδικασία αξιολόγησης μιας συγκεκριμένης στάσης μετρώντας τον αριθμό των ευνοϊκών διαμοριακών αλληλεπιδράσεων.
Το παρακάτω infographic συνοψίζει τη διαφορά μεταξύ μοριακής σύνδεσης και βαθμολόγησης.
Σύνοψη – Molecular Docking vs Scoring
Η μοριακή σύνδεση και η βαθμολόγηση είναι σημαντικές στη μοριακή μοντελοποίηση. Η βασική διαφορά μεταξύ της μοριακής σύνδεσης και της βαθμολόγησης είναι ότι η σύνδεση είναι μια τεχνική που χρησιμοποιείται για τον προσδιορισμό της συγγένειας δέσμευσης μεταξύ δύο μορίων, ενώ η βαθμολόγηση είναι μια διαδικασία αξιολόγησης μιας συγκεκριμένης στάσης μετρώντας τον αριθμό των ευνοϊκών διαμοριακών αλληλεπιδράσεων.
