Η βασική διαφορά μεταξύ contig και scaffold είναι ότι ένα contig δεν έχει κενά ενώ ένα ικρίωμα αποτελείται από contig και κενά.
Ο προσδιορισμός της αλληλουχίας του γονιδιώματος των πολυκύτταρων οργανισμών είναι πολύ δύσκολος σε σύγκριση με τον προσδιορισμό της αλληλουχίας των μονοκύτταρων οργανισμών. Η αλληλουχία κυνηγετικού όπλου ολόκληρου του γονιδιώματος είναι μια εύκολη και γρήγορη τεχνική προσδιορισμού αλληλουχίας γονιδιώματος για πολυκύτταρα γονιδιώματα. Είναι μια μέθοδος που ταξινομεί παράλληλα πολλά επικαλυπτόμενα θραύσματα DNA. Σε αυτή τη μέθοδο, μικρά θραύσματα συναρμολογούνται σε μεγαλύτερα θραύσματα και στη συνέχεια σε μεγαλύτερα τμήματα χρησιμοποιώντας έναν υπολογιστή. Στη συνέχεια τα contigs συναρμολογούνται σε ικριώματα και τέλος σε ένα χρωμόσωμα. Επομένως, το contig είναι ένα συνεχές τέντωμα αλληλουχιών νουκλεοτιδίων ενώ το ικρίωμα είναι ένα τμήμα του γονιδιώματος που αποτελείται από contigs και κενά. Τόσο το contig όσο και το ικρίωμα είναι ανακατασκευασμένες γονιδιωματικές αλληλουχίες.
Τι είναι το Contig;
Το Contig είναι μια γονιδιωματική αλληλουχία. Είναι μια συνεχής έκταση αλληλουχιών που αποτελείται από βάσεις Α, C, G και Τ. Σχηματίζεται συνδυάζοντας πολλά μικρά επικαλυπτόμενα κομμάτια DNA σε μια μακρύτερη αλληλουχία. Με απλά λόγια, το contig είναι ένα συγκρότημα ενός συνόλου θραυσμάτων ακολουθίας. Η δημιουργία Contig περιλαμβάνει τον εντοπισμό επικαλυπτόμενων θραυσμάτων ακολουθίας με βάση τις μεθόδους τοπικής αντιστοίχισης και ευθυγράμμισης συμβολοσειρών που προσδιορίζουν τα επικαλυπτόμενα άκρα των ακολουθιών.
Τα Contigs δεν έχουν κενά. Είναι μέρος ενός ικριώματος. Τα Contigs συνδέονται μεταξύ τους κατά τη δημιουργία ενός ικριώματος. Απαιτεί πρόσθετες πληροφορίες σχετικά με τη σχετική θέση και τον προσανατολισμό των contigs στο γονιδίωμα. Τα κενά χωρίζουν γωνίες σε ένα ικρίωμα. Βασικά, η συναρμολόγηση contig είναι ένα σημαντικό βήμα στην αλληλουχία του κυνηγετικού όπλου ολόκληρου του γονιδιώματος. Τα Contigs συναρμολογούνται τελικά σε μια πλήρη γονιδιωματική αλληλουχία. Η συναρμολόγηση Contig απαιτεί συνήθως την κατανόηση των αλγορίθμων για την αντιστοίχιση συμβολοσειρών και τη στοίχιση ακολουθίας.
Τι είναι ένα ικρίωμα;
Ένα ικρίωμα είναι μια ανακατασκευασμένη γονιδιωματική αλληλουχία από κλώνους κυνηγετικού όπλου ολικής αλληλουχίας με τελική αλληλουχία. Δομικά, ένα ικρίωμα αποτελείται από αγκυλώσεις και κενά. Ως εκ τούτου, τα ικριώματα δημιουργούνται αλυσοδένοντας αγκυλώσεις μεταξύ τους και χωρίζοντας τα με κενά. Η δημιουργία του ικριώματος χρειάζεται πληροφορίες σχετικά με τη σχετική θέση και τον προσανατολισμό των contigs στο γονιδίωμα. Η συναρμολόγηση κυνηγετικού όπλου ολόκληρου του γονιδιώματος στοχεύει στην αναπαράσταση κάθε γονιδιωματικής αλληλουχίας σε ένα ικρίωμα. Όμως, δεν είναι αρκετά δυνατό. Ως εκ τούτου, ένα χρωμόσωμα μπορεί να αντιπροσωπεύεται από πολλά ικριώματα. Μερικές φορές τα ικριώματα μπορεί να επικαλύπτονται. Επιπλέον, ορισμένα ικριώματα μπορούν να φιλτραριστούν κατά τη συναρμολόγηση.
Εικόνα 02: Επισκόπηση της διάταξης κυνηγετικού όπλου ολόκληρου του γονιδιώματος
Το μήκος ενός κενού ικριώματος δεν δείχνει το πραγματικό του μήκος. Γενικά, τα κενά ρυθμίζονται αυθαίρετα σε ορισμένα σταθερά μήκη. Ως εκ τούτου, αυτά τα κενά και οι αβεβαιότητες στα μήκη τους δημιουργούν προβλήματα στην κατανόηση των πραγματικών χωρικών σχέσεων των λειτουργικών στοιχείων στα γονιδιώματα και της πραγματικής έκτασης των πληροφοριών που λείπουν. Μερικές φορές τα κενά αντιπροσωπεύουν γονιδιωματικές πληροφορίες που λείπουν.
Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ Contig και Scaffold;
- Το Contig και το ικρίωμα είναι γονιδιωματικές αλληλουχίες που αποτελούνται από αλληλουχίες νουκλεοτιδίων.
- Τα ικριώματα αποτελούνται από αγκυλώσεις και κενά.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ Contig και Scaffold;
Ένα contig είναι μια συνεχής ακολουθία που συναρμολογείται από ένα σύνολο θραυσμάτων αλληλουχίας. Αντίθετα, ένα ικρίωμα είναι ένα τμήμα της γονιδιωματικής αλληλουχίας που ανακατασκευάζεται με την αλυσίδα των κωνίων μεταξύ τους. Έτσι, αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ contig και ικριώματος. Επιπλέον, τα contigs δεν έχουν κενά ενώ τα contigs σε ένα ικρίωμα χωρίζονται με κενά.
Στο παρακάτω infographic παρουσιάζονται περισσότερες διαφορές μεταξύ contig και ικριώματος.
Σύνοψη – Contig εναντίον Scaffold
Τόσο το contig όσο και το ικρίωμα είναι ανακατασκευασμένες αλληλουχίες νουκλεοτιδίων σε έργα αλληλούχισης ολόκληρου του γονιδιώματος. Το Contig είναι μια συνεχής έκταση γονιδιωματικής αλληλουχίας που περιέχει βάσεις A, C, G και T χωρίς κενά. Το ικρίωμα είναι μια γονιδιωματική αλληλουχία που αποτελείται από αγκυλώσεις και κενά. Ως εκ τούτου, τα συντομότερα εξαρτήματα συναρμολόγησης είναι κοντίγματα ενώ τα ικριώματα είναι συγκροτήματα συναρμολογήσεων. Τέλος, τα ικριώματα συναρμολογούνται σε χρωμοσώματα σε αλληλουχία ολόκληρου του γονιδιώματος. Έτσι, αυτό συνοψίζει τη διαφορά μεταξύ contig και ικριώματος.
