Η βασική διαφορά μεταξύ της υπερφυγοκέντρησης διαβάθμισης σακχαρόζης και της υπερφυγοκέντρησης με μαξιλάρι σακχαρόζης είναι ότι στην υπερφυγοκέντρηση βαθμίδωσης σακχαρόζης χρησιμοποιείται μια συνεχής βαθμίδα σακχαρόζης, ενώ στην υπερφυγοκέντρηση με μαξιλάρι σακχαρόζης χρησιμοποιείται μια ασυνεχής διαβάθμιση σακχαρόζης.
Η υπερφυγοκέντρηση με κλίση σακχαρόζης και η υπερφυγοκέντρηση με μαξιλάρι σακχαρόζης είναι δύο παρόμοιοι τύποι τεχνικών που χρησιμοποιούνται για τον διαχωρισμό συγκεκριμένων τύπων μακρομορίων. Και στις δύο τεχνικές, χρησιμοποιείται μια βαθμίδα πυκνότητας σακχαρόζης. Αλλά στην υπερφυγοκέντρηση βαθμίδωσης σακχαρόζης, χρησιμοποιείται μια συνεχής κλίση πυκνότητας ενώ, στην υπερφυγοκέντρηση με μαξιλάρι σακχαρόζης, χρησιμοποιείται μια ασυνεχής κλίση πυκνότητας.
Τι είναι η υπερφυγοκέντρηση βαθμίδωσης σακχαρόζης;
Η υπερφυγοκέντρηση με κλίση σακχαρόζης είναι μια τεχνική που μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την κλασματοποίηση μακρομορίων όπως το DNA, το RNA και οι πρωτεΐνες. Υπάρχουν πολλά βήματα σε αυτή την τεχνική. Είναι η παρασκευή βαθμίδωσης σακχαρόζης, η φυγοκέντρηση, ο διαχωρισμός και η έκλουση. Η προετοιμασία της κλίσης είναι το βασικό βήμα σε αυτήν την τεχνική. Σε αυτή την τεχνική, το δείγμα που περιέχει μακρομόρια διαφορετικού μεγέθους στρώνεται στην επιφάνεια μιας στήλης βαθμίδωσης σακχαρόζης. Κατά τη φυγοκέντρηση, μακρομόρια διαφορετικού μεγέθους καθιζάνουν μέσω της στήλης βαθμίδωσης σακχαρόζης με διαφορετικούς ρυθμούς. Η καθίζηση εξαρτάται από διάφορους παράγοντες, συμπεριλαμβανομένης της δύναμης φυγοκέντρησης, του σχήματος μεγέθους και της πυκνότητας των μακρομορίων, της πυκνότητας και του ιξώδους της βαθμίδας. Στο τέλος της φυγοκέντρησης, τα μακρομόρια διαχωρίζονται χωρικά με πυκνότητα. Μεγαλύτερα μακρομόρια (μακρομόρια υψηλής πυκνότητας) καθιζάνουν προς τον πυθμένα. Τα ελαφρύτερα (μακρομόρια χαμηλής πυκνότητας) παραμένουν στην κορυφή της βαθμίδας. Επομένως, τα μόρια διαχωρίζονται ως διαφορετικές ζώνες. Στη συνέχεια θα πρέπει να διαχωριστούν οι ζώνες και να γίνει ο καθαρισμός του συγκεκριμένου μακρομορίου από τη σακχαρόζη.
Εικόνα 01: Υπερφυγοκέντρηση βαθμίδωσης σακχαρόζης
Από την πλευρά της εφαρμογής, αυτή η μέθοδος χρησιμοποιείται εκτενώς για την κλασμάτωση των μορίων DNA. Η υπερφυγοκέντρηση με κλίση σακχαρόζης χρησιμοποιείται συνήθως για τον χαρακτηρισμό του μεγέθους και της σύνθεσης του συμπλόκου πρωτεΐνης. Επιπλέον, αυτή η τεχνική χρησιμοποιείται για τον μερικό καθαρισμό του mRNA.
Τι είναι η υπερφυγοκέντρηση Sucrose Cushion;
Η υπερφυγοκέντρηση με μαξιλάρι σακχαρόζης είναι μια άλλη τεχνική που επιτρέπει την κλασμάτωση των μακρομορίων. Σε αντίθεση με την υπερφυγοκέντρηση βαθμίδωσης πυκνότητας σακχαρόζης, η υπερφυγοκέντρηση με μαξιλάρι σακχαρόζης χρησιμοποιεί μια ασυνεχή βαθμίδα πυκνότητας. Η συγκέντρωση σακχαρόζης αυξάνεται από πάνω προς τα κάτω σε διακριτά βήματα. Σε αυτή την τεχνική, ο διαχωρισμός επιτυγχάνεται με την τοποθέτηση του διαυγασμένου εκχυλίσματος πάνω από έναν μικρό όγκο διαλύματος σακχαρόζης σε ένα σωλήνα φυγοκέντρησης, το λεγόμενο μαξιλάρι σακχαρόζης. Αυτό επιτρέπει καλύτερο διαχωρισμό σε φυγοκέντρηση υψηλής ταχύτητας. Όταν τα μόρια διαχωρίζονται ως λωρίδα μεταξύ του μαξιλαριού σακχαρόζης, η λευκή ταινία μπορεί να συλλεχθεί και να καθαριστεί. Επιπλέον, οι ακαθαρσίες μπορούν να αφαιρεθούν περαιτέρω χρησιμοποιώντας τη μέθοδο μαξιλαριού σακχαρόζης. Η μέθοδος μαξιλαριού σακχαρόζης επιτρέπει την πλήρωση του 60-70% του σωλήνα με το δείγμα. Ως εκ τούτου, η μέθοδος μαξιλαριού σακχαρόζης επιτρέπει την επεξεργασία μεγαλύτερου όγκου δείγματος.
Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ της υπερφυγοκέντρησης με κλίση σακχαρόζης και της υπερφυγοκέντρησης με μαξιλάρι σακχαρόζης;
- Η υπερφυγοκέντρηση με κλίση σακχαρόζης και η υπερφυγοκέντρηση με μαξιλάρι σακχαρόζης είναι δύο τεχνικές που χρησιμοποιούνται για τον διαχωρισμό ενός μείγματος μακρομορίων.
- Και στις δύο μεθόδους χρησιμοποιείται βαθμίδα σακχαρόζης.
- Η φυγοκέντρηση είναι ένα βήμα και στις δύο μεθόδους.
- Τα μόρια καθιζάνουν ως ζώνη ή ζώνη σε κάθε μέθοδο.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ της υπερφυγοκέντρησης με κλίση σακχαρόζης και της υπερφυγοκέντρησης με μαξιλάρι σακχαρόζης;
Η υπερφυγοκέντρηση με κλίση σακχαρόζης είναι μια τεχνική που χρησιμοποιεί μια συνεχή κλίση σακχαρόζης στο σωλήνα φυγοκέντρησης ενώ η υπερφυγοκέντρηση με μαξιλάρι σακχαρόζης είναι μια τεχνική που χρησιμοποιεί μια ασυνεχή κλίση σακχαρόζης. Επομένως, αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ της υπερφυγοκέντρησης με κλίση σακχαρόζης και της υπερφυγοκέντρησης με μαξιλάρι σακχαρόζης.
Επιπλέον, η υπερφυγοκέντρηση με μαξιλάρι σακχαρόζης επιτρέπει την επεξεργασία μεγαλύτερου όγκου δείγματος, ενώ η υπερφυγοκέντρηση βαθμίδωσης σακχαρόζης επιτρέπει την επεξεργασία ενός συγκριτικά μικρού όγκου δείγματος.
Στο παρακάτω infographic παρουσιάζονται περισσότερες διαφορές μεταξύ της υπερφυγοκέντρησης διαβάθμισης σακχαρόζης και της υπερφυγοκέντρησης με μαξιλάρι σακχαρόζης.
Σύνοψη – Διαβάθμιση σακχαρόζης έναντι υπερφυγοκέντρησης μαξιλαριού σακχαρόζης
Η υπερφυγοκέντρηση βαθμίδωσης σακχαρόζης διαχωρίζει τα μακρομόρια χρησιμοποιώντας συνεχή βαθμίδα σακχαρόζης. Αντίθετα, η υπερφυγοκέντρηση με μαξιλάρι σακχαρόζης χρησιμοποιεί μια ασυνεχή βαθμίδα σακχαρόζης προκειμένου να διαχωριστεί συγκεκριμένος τύπος σωματιδίων σε ένα μείγμα. Έτσι, αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ της βαθμίδωσης σακχαρόζης και της υπερφυγοκέντρησης με μαξιλάρι σακχαρόζης. Η μέθοδος μαξιλαριού σακχαρόζης επιτρέπει τη συλλογή μορφολογικά άθικτων σωματιδίων, καθώς δεν προκαλεί μηχανική καταπόνηση, σε αντίθεση με την υπερφυγοκέντρηση με κλίση σακχαρόζης, η οποία συνθλίβει τα μόρια στον πυθμένα του σωλήνα. Επιπλέον, η υπερφυγοκέντρηση με μαξιλάρι σακχαρόζης επιτρέπει την επεξεργασία μεγαλύτερου όγκου δείγματος από την υπερφυγοκέντρηση βαθμίδωσης σακχαρόζης.
