Η βασική διαφορά μεταξύ CGH και CGH συστοιχίας είναι ότι η CGH είναι μια παραδοσιακή μοριακή κυτταρογενετική μέθοδος για την ανάλυση της διακύμανσης του αριθμού αντιγράφων στο DNA ενός δείγματος δοκιμής που έχει χαμηλότερη ανάλυση, ενώ η σειρά CGH είναι μια πλήρως αυτοματοποιημένη μοριακή κυτταρογενετική μέθοδος για ανάλυση της διακύμανσης του αριθμού αντιγράφων στο DNA ενός δείγματος δοκιμής που έχει υψηλότερη ανάλυση.
Το CGH και το CGH του πίνακα είναι δύο τεχνικές για την ανίχνευση παραλλαγών αριθμού αντιγράφων σε άτομα. Η παραλλαγή αριθμού αντιγράφων αναφέρεται στις ενότητες του γονιδιώματος που επαναλαμβάνονται. Ο αριθμός αντιγράφων διαφέρει μεταξύ των ατόμων. Η παραλλαγή αριθμού αντιγράφων κατηγοριοποιείται γενικά σε δύο ομάδες: σύντομες επαναλήψεις και μεγάλες επαναλήψεις. Ένα από τα πιο γνωστά παραδείγματα για μια σύντομη παραλλαγή αριθμού αντιγράφων είναι η επανάληψη του τρινουκλεοτιδίου CAG στο γονίδιο huntingtin. Αυτό προκαλεί μια νευρολογική διαταραχή που ονομάζεται Huntingtin. Το καλύτερο παράδειγμα για την παραλλαγή αριθμού αντιγράφων μακρών επαναλήψεων είναι το γονίδιο άλφα αμυλάσης, το οποίο προκαλεί αντίσταση στην ινσουλίνη. Η παραλλαγή αριθμού αντιγράφων μπορεί να ανιχνευθεί με τεχνικές όπως FISH, CGH και πίνακας CGH.
Τι είναι η CGH;
Το CGH είναι μια παραδοσιακή μοριακή κυτταρογενετική μέθοδος για την ανάλυση της διακύμανσης του αριθμού αντιγράφων στο DNA ενός δείγματος δοκιμής σε σύγκριση με ένα δείγμα αναφοράς. Έχει χαμηλότερη ανάλυση σε σύγκριση με τις αυτοματοποιημένες τεχνικές. Ο στόχος αυτής της τεχνικής είναι να συγκρίνει γρήγορα και αποτελεσματικά δύο δείγματα γονιδιωματικού DNA που προέρχονται από διαφορετικές πηγές.
Εικόνα 01: CGH
Η διαδικασία περιλαμβάνει την απομόνωση DNA από δύο πηγές: δοκιμή και αναφορά. Στη συνέχεια, το επόμενο βήμα είναι η ανεξάρτητη επισήμανση δειγμάτων DNA δοκιμής και αναφοράς με φθοροφόρα διαφορετικών χρωμάτων. Αργότερα, τα δύο δείγματα DNA μετουσιώθηκαν για να ληφθούν τα μονόκλωνα δείγματα DNA. Τέλος, πραγματοποιήθηκε ο υβριδισμός των δύο δειγμάτων DNA που προέκυψαν σε αναλογία 1:1 προς μια κανονική εξάπλωση μετάφασης των χρωμοσωμάτων. Οι χρωμοσωμικές διαφορές μπορούν να εντοπιστούν μεταξύ των δύο πηγών χρησιμοποιώντας μικροσκόπιο φθορισμού και λογισμικό υπολογιστή. Επιπλέον, η τεχνική CGH είναι σε θέση να ανιχνεύσει μόνο μη ισορροπημένες χρωμοσωμικές ανωμαλίες.
Τι είναι το Array CGH;
Το Array CGH είναι μια πλήρως αυτοματοποιημένη μοριακή κυτταρογενετική μέθοδος για την ανάλυση της διακύμανσης του αριθμού αντιγράφων στο DNA ενός δείγματος δοκιμής σε σύγκριση με ένα δείγμα αναφοράς. Έχει υψηλότερη ανάλυση και αναπτύχθηκε για να ελαχιστοποιήσει τους περιορισμούς του παραδοσιακού CGH. Το Array CGH συνδυάζει τις αρχές του CGH με τη χρήση μικροσυστοιχιών. Αντί να χρησιμοποιεί διασπορά χρωμοσωμάτων μεταφάσης, αυτή η μέθοδος χρησιμοποιεί διαφάνειες παρατεταγμένες με μικρά τμήματα DNA ως στόχους. Αυτές οι μικροσυστοιχίες κατασκευάστηκαν με εναπόθεση και ακινητοποίηση μικρής ποσότητας DNA (ανιχνευτές) σε στερεό γυάλινο στήριγμα. Το μέγεθος των ανιχνευτών μπορεί να ποικίλλει από ολιγονουκλεοτίδιο σε βακτηριακό τεχνητό χρωμόσωμα.
Εικόνα 02: Πίνακας CGH
Ανεξάρτητα από τους ανιχνευτές, η βασική μέθοδος της συστοιχίας CGH είναι παρόμοια με την CGH. Μόλις παρασκευαστούν ανιχνευτές που περιέχουν μικροσυστοιχία, τα δύο δείγματα DNA (δοκιμή και αναφορά) που έχουν επισημανθεί με φθοροφόρα διαφορετικών χρωμάτων αναμιγνύονται μεταξύ τους και προστίθενται στη μικροσυστοιχία. Δεδομένου ότι το DNA στα δείγματα είναι μονόκλωνο λόγω μετουσίωσης, αυτό το DNA υβριδοποιείται με παρατεταγμένους μονόκλωνους ανιχνευτές. Χρησιμοποιώντας ένα σύστημα ψηφιακής απεικόνισης, είναι δυνατό να εντοπιστούν οι χρωμοσωμικές διαφορές μεταξύ των δύο πηγών.
Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ CGH και Array CGH;
- Το CGH και το CGH πίνακα είναι δύο τεχνικές για τον εντοπισμό παραλλαγών αριθμού αντιγράφων.
- Είναι μοριακές κυτταρογενετικές μέθοδοι.
- Και οι δύο μέθοδοι διαγιγνώσκουν μη ισορροπημένες χρωμοσωμικές ανωμαλίες.
- Τα φθοροφόρα εμπλέκονται και στις δύο μεθόδους.
- Μπορούν να χρησιμοποιηθούν και οι δύο μέθοδοι για τον εντοπισμό γενετικών διαταραχών λόγω παραλλαγών του αριθμού αντιγράφων.
- Χρησιμοποιούνται ευρέως στη συγκριτική γονιδιωματική ανάλυση.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ CGH και Array CGH;
Η CGH είναι μια παραδοσιακή μοριακή κυτταρογενετική μέθοδος για την ανάλυση της διακύμανσης του αριθμού αντιγράφων στο DNA ενός δείγματος δοκιμής που έχει χαμηλότερη ανάλυση, ενώ η συστοιχία CGH είναι μια πλήρως αυτοματοποιημένη μοριακή κυτταρογενετική μέθοδος για την ανάλυση της διακύμανσης του αριθμού αντιγράφων στο DNA ενός δείγματος δοκιμής που έχει μεγαλύτερη ανάλυση. Έτσι, αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ του CGH και του πίνακα CGH. Επιπλέον, στην CGH, τα δείγματα DNA δοκιμής και αναφοράς υβριδοποιούνται με μια κανονική εξάπλωση μετάφασης των χρωμοσωμάτων, αλλά στη συστοιχία CGH, τα δείγματα DNA δοκιμής και αναφοράς υβριδοποιούνται με τους ακινητοποιημένους ανιχνευτές DNA που περιέχουν μικροσυστοιχία.
Το παρακάτω infographic παραθέτει τις διαφορές μεταξύ CGH και πίνακα CGH σε μορφή πίνακα για σύγκριση δίπλα-δίπλα.
Σύνοψη – CGH vs Array CGH
Η CGH και η σειρά CGH είναι δύο μοριακές κυτταρογενετικές τεχνικές για την ανίχνευση μη ισορροπημένων χρωμοσωμικών ανωμαλιών. Χρησιμοποιούνται ευρέως στη συγκριτική γονιδιωματική ανάλυση. Η CGH είναι μια παραδοσιακή μοριακή κυτταρογενετική μέθοδος για την ανάλυση της διακύμανσης του αριθμού αντιγράφων στο DNA ενός δείγματος δοκιμής που έχει χαμηλότερη ανάλυση. Αντίθετα, η συστοιχία CGH είναι μια πλήρως αυτοματοποιημένη μοριακή κυτταρογενετική μέθοδος για την ανάλυση της διακύμανσης του αριθμού αντιγράφων στο DNA ενός δείγματος δοκιμής που έχει υψηλότερη ανάλυση. Έτσι, αυτό συνοψίζει τη διαφορά μεταξύ CGH και πίνακα CGH.
