Η βασική διαφορά μεταξύ BLAST και FastA είναι ότι το BLAST είναι ένα βασικό εργαλείο ευθυγράμμισης που διατίθεται στον ιστότοπο του Εθνικού Κέντρου Πληροφοριών Βιοτεχνολογίας, ενώ το FastA είναι ένα εργαλείο αναζήτησης ομοιότητας που διατίθεται στον ιστότοπο του Ευρωπαϊκού Ινστιτούτου Βιοπληροφορικής.
Το BLAST και το FastA είναι δύο λογισμικά που χρησιμοποιούνται ευρέως για τη σύγκριση βιολογικών αλληλουχιών DNA, αμινοξέων, πρωτεϊνών και νουκλεοτιδίων διαφορετικών ειδών και την αναζήτηση των ομοιοτήτων τους. Αυτοί οι αλγόριθμοι γράφτηκαν έχοντας κατά νου την ταχύτητα. Διότι, όταν οι επιστήμονες μπόρεσαν να απομονώσουν το DNA στο εργαστήριο στα μέσα της δεκαετίας του 1980, προκάλεσε την ανάγκη σύγκρισης και εύρεσης πανομοιότυπων γονιδίων για περαιτέρω έρευνα με μεγάλη ταχύτητα. Ως εκ τούτου, αυτά τα δύο λογισμικά αναπτύχθηκαν με τρόπο ώστε ο χρήστης να μπορεί να κάνει μια γρήγορη αναζήτηση παρόμοιων ακολουθιών με αυτήν των αλληλουχιών ερωτημάτων του.
Το BLAST είναι ένα αρκτικόλεξο για το Εργαλείο αναζήτησης βασικής τοπικής στοίχισης και χρησιμοποιεί την τοπική προσέγγιση για τη σύγκριση των δύο ακολουθιών. Το FastA είναι ένα λογισμικό που αναφέρεται στο Fast A όπου το A σημαίνει Όλα. Εδώ, το λογισμικό λειτουργεί με αλφάβητα όπως το Fast A για την αλληλουχία DNA και το Fast P για την πρωτεΐνη. Τόσο το BLAST όσο και το FastA είναι πολύ γρήγορα στη σύγκριση οποιασδήποτε βάσης δεδομένων γονιδιώματος και, ως εκ τούτου, είναι πολύ βιώσιμα οικονομικά καθώς και σε εξοικονόμηση χρόνου.
Τι είναι το BLAST;
Το BLAST είναι ένα από τα πιο ευρέως χρησιμοποιούμενα λογισμικά βιοπληροφορικής που αναπτύχθηκε το 1990. Έκτοτε, είναι διαθέσιμο σε όλους στον ιστότοπο του NCBI. Επιπλέον, κάθε άτομο μπορεί να έχει πρόσβαση σε αυτό το λογισμικό και να το χρησιμοποιήσει. Επιπλέον, το BLAST είναι ένα λογισμικό που χρειάζεται δεδομένα εισόδου ή ακολουθίες σε μορφή FastA. Ωστόσο, δίνει δεδομένα εξόδου σε μορφή απλού κειμένου, HTML ή XML. Το BLAST λειτουργεί βάσει μιας αρχής αναζήτησης εντοπισμένων ομοιοτήτων μεταξύ δύο ακολουθιών και σύντομη λίστα των όμοιων ακολουθιών, και μετά από αυτό, αναζητά ομοιότητες γειτονιάς.
Εικόνα 01: Αποτελέσματα BLAST
Έτσι, αυτό το λογισμικό αναζητά μεγάλο αριθμό παρόμοιων τοπικών περιοχών και δίνει το αποτέλεσμα όταν φτάσει σε μια τιμή κατωφλίου. Ωστόσο, αυτή η διαδικασία διαφέρει από το προηγούμενο λογισμικό, το οποίο αναζητά πρώτα ολόκληρη την ακολουθία και μετά κάνει τη σύγκριση, και ως εκ τούτου, χρειάστηκε πολύς χρόνος.
Εκτός από τον παραπάνω έλεγχο ομοιότητας, το BLAST έχει πολλές άλλες χρήσεις όπως η χαρτογράφηση DNA, η σύγκριση δύο πανομοιότυπων γονιδίων σε διαφορετικά είδη, η δημιουργία ενός φυλογενετικού δέντρου κ.λπ.
Τι είναι το FastA;
Το FastA είναι ένα λογισμικό ευθυγράμμισης αλληλουχίας πρωτεΐνης. Οι David J. Lipman και William R. Pearson περιέγραψαν αυτό το λογισμικό το 1985. Αν και η αρχική χρήση αυτού του λογισμικού ήταν να συγκρίνει μόνο τις πρωτεϊνικές αλληλουχίες, η τροποποιημένη εκδοχή του ήταν επίσης σε θέση να συγκρίνει αλληλουχίες DNA. Εδώ, αυτό το λογισμικό χρησιμοποιεί την αρχή της εύρεσης της ομοιότητας μεταξύ δύο ακολουθιών στατιστικά. Ταιριάζει μια αλληλουχία του DNA ή πρωτεΐνης με μια άλλη αλληλουχία με τη μέθοδο τοπικής ευθυγράμμισης αλληλουχίας.
Εικόνα 02: FastA
Ωστόσο, αναζητά τοπικές περιοχές για ομοιότητα, αλλά όχι την καλύτερη αντιστοίχιση μεταξύ δύο ακολουθιών. Δεδομένου ότι αυτό το λογισμικό συγκρίνει κατά καιρούς εντοπισμένες ομοιότητες, μπορεί επίσης να εμφανίσει αναντιστοιχίες. Σε μια ακολουθία, το FastA παίρνει ένα μικρό μέρος γνωστό ως k-tuples, όπου οι πλειάδες μπορεί να είναι από 1 έως 6 και ταιριάζει με τις k-πλειάδες της άλλης ακολουθίας. Στο τέλος της διαδικασίας αντιστοίχισης, όταν φτάσει σε μια τιμή κατωφλίου, παράγει το αποτέλεσμα.
Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ BLAST και FastA;
- BLAST και FastA είναι εργαλεία βιοπληροφορικής που χρησιμοποιούνται για τη σύγκριση αλληλουχιών πρωτεΐνης και DNA για ομοιότητες.
- Επίσης, και τα δύο προγράμματα χρησιμοποιούν μια στρατηγική βαθμολόγησης για να κάνουν συγκρίσεις μεταξύ των ακολουθιών.
- Επιπλέον, και τα δύο εργαλεία παράγουν αποτελέσματα υψηλής ακρίβειας.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ BLAST και FastA;
Το BLAST είναι ένα εργαλείο για τον έλεγχο της ομοιότητας μεταξύ βιολογικών αλληλουχιών. Από την άλλη πλευρά, το FastA είναι ένα άλλο πρόγραμμα που διευκολύνει τον έλεγχο ομοιότητας των αλληλουχιών πρωτεΐνης και DNA. Ωστόσο, σε σύγκριση με το FastA, το λογισμικό BLAST είναι πολύ δημοφιλές καθώς παράγει πιο ακριβή και γρήγορα αποτελέσματα. Ως εκ τούτου, αυτή είναι η διαφορά μεταξύ BLAST και FastA. Επιπλέον, σε αντίθεση με το FastA, το πρόγραμμα BLAST μπορεί να τροποποιηθεί ανάλογα με τις ανάγκες του χρήστη. Επομένως, αυτή είναι μια άλλη διαφορά μεταξύ BLAST και FastA.
Το παρακάτω infographic για τη διαφορά μεταξύ BLAST και FastA παρέχει περισσότερες λεπτομέρειες.
Σύνοψη – BLAST vs FastA
Το BLAST και το FastA είναι δύο προγράμματα που επιτρέπουν στο χρήστη να συγκρίνει την αλληλουχία ερωτημάτων του με τις ακολουθίες στις υπάρχουσες βάσεις δεδομένων και να ελέγξει τις ομοιότητες. Ο αρχικός σκοπός του FastA ήταν να συγκρίνει μόνο τις πρωτεϊνικές αλληλουχίες. Όμως, η τροποποιημένη έκδοση αυτού του λογισμικού διευκολύνει τις συγκρίσεις τόσο πρωτεϊνών όσο και αλληλουχιών DNA. Αν και το FastA είναι καλό λογισμικό, οι περισσότεροι άνθρωποι χρησιμοποιούν το εργαλείο ευθυγράμμισης BLAST, καθώς είναι πιο δημοφιλές και παράγει πιο ακριβή και γρήγορα αποτελέσματα από το FastA. Επίσης, το εργαλείο BLAST μπορεί να τροποποιηθεί σύμφωνα με τις απαιτήσεις του χρήστη. Εν συντομία, αυτό συνοψίζει τη διαφορά μεταξύ BLAST και FastA.
