Η βασική διαφορά μεταξύ MLVA και MLST είναι ότι το MLVA χρησιμοποιεί τον πολυμορφισμό διαδοχικά επαναλαμβανόμενων αλληλουχιών DNA για να χαρακτηρίσει μικροβιακά είδη, ενώ το MLST χρησιμοποιεί τον πολυμορφισμό αλληλουχιών DNA εσωτερικών θραυσμάτων πολλαπλών γονιδίων για τον χαρακτηρισμό μικροβιακών ειδών.
Ο μικροβιακός τύπος χρησιμοποιείται συνήθως για τον προσδιορισμό της πηγής και των οδών των λοιμώξεων. Επιβεβαιώνει ή αποκλείει τα κρούσματα. Η μικροβιακή τυποποίηση εντοπίζει επίσης τη διασταυρούμενη μετάδοση παθογόνων παραγόντων που σχετίζονται με την υγειονομική περίθαλψη και αναγνωρίζει λοιμώδη στελέχη. Επιπλέον, η μικροβιακή τυποποίηση αξιολογεί την αποτελεσματικότητα των μέτρων ελέγχου των παθογόνων μικροβιακών ειδών. Το MLVA και το MLST είναι δύο μοριακές βιολογικές τεχνικές που χρησιμοποιούνται στη μικροβιακή τυποποίηση.
Τι είναι το MLVA;
Η ανάλυση VNTR πολλαπλών θέσεων (MLVA) είναι μια μοριακή βιολογική μέθοδος που χρησιμοποιεί τον πολυμορφισμό διαδοχικά επαναλαμβανόμενων αλληλουχιών DNA για να χαρακτηρίσει μικροβιακά είδη. Είναι μια μέθοδος που χρησιμοποιείται για τη γενετική ανάλυση συγκεκριμένων μικροβιακών ειδών.
Κατά τη διάρκεια του πρώτου βήματος της MLVA, κάθε στοχευμένος τόπος VNTR ενισχύεται με PCR με εκκινητές ειδικούς για πλευρική περιοχή. Στη συνέχεια, τα ληφθέντα θραύσματα διαχωρίζονται κατά μέγεθος με ηλεκτροφόρηση σε τριχοειδές αναλυτή αλληλουχίας. Ο προσδιορισμός του γονότυπου κάθε τόπου και τα αποτελέσματα που συλλέγονται από κάθε δείγμα επιτρέπουν τον χαρακτηρισμό ενός μικροοργανισμού του οποίου το είδος είναι γνωστό. Επιτρέπει επίσης την αναγνώριση του υποείδους μέσω πληκτρολόγησης αλληλόμορφων και σύγκρισης με τις βάσεις δεδομένων MLVA.
Εικόνα 01: MLVA
Αυτή η μέθοδος MLVA είναι πιο επιλεκτική από τη μέθοδο MLST. Επιπλέον, η μέθοδος MLVA δεν απαιτεί βήμα προσδιορισμού αλληλουχίας DNA. Έτσι, καθιστά δυνατή τη διαφοροποίηση κοντινών υποειδών ή κλωνικών ειδών.
Τι είναι το MLST;
Τυποποίηση αλληλουχίας πολλαπλών θέσεων (MLST) είναι μια τεχνική που χρησιμοποιεί τον πολυμορφισμό αλληλουχιών DNA εσωτερικών θραυσμάτων πολλαπλών γονιδίων οικιακής χρήσης για να χαρακτηρίσει μικροβιακά είδη. Το MLST είναι μια τεχνική στη γενετική ανάλυση για τον τύπο πολλαπλών τόπων.
Εικόνα 02: MLST
Είναι ένας τύπος τυποποίησης αλληλουχίας που χρησιμοποιείται ως τεχνική αναφοράς για τη διάκριση διαφορετικών στελεχών μικροβιακών ειδών. Αυτή η μέθοδος βασίζεται στον προσδιορισμό της αλληλουχίας των γονιδίων του σπιτιού. Τα γονίδια του housekeeping συνήθως κωδικοποιούν βασικές πρωτεΐνες μικροβιακών παραγόντων όπως ένα βακτήριο. Αυτές οι αλληλουχίες γονιδίων οικιακής φροντίδας έχουν την ιδιαιτερότητα να παρουσιάζουν έναν σταθερό πολυμορφισμό με την πάροδο του χρόνου. Ως εκ τούτου, οι διαφορές στις αλληλουχίες των γονιδίων οικιακής φροντίδας είναι αρκετές για να διακρίνουν τα στελέχη μεταξύ τους. Επιπλέον, το πρώτο σχήμα MLST που αναπτύχθηκε ήταν το Neisseria meningitidis, ο αιτιολογικός παράγοντας της μηνιγγιτιδοκοκκικής μηνιγγίτιδας και της σηψαιμίας. Από την εισαγωγή του, το MLST έχει χρησιμοποιηθεί όχι μόνο για ανθρώπινα παθογόνα αλλά και για φυτικά παθογόνα.
Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ MLVA και MLST;
- MLVA και MLST είναι δύο μοριακές βιολογικές τεχνικές που χρησιμοποιούνται στη μικροβιακή τυποποίηση.
- Μπορούν να χρησιμοποιηθούν και οι δύο τεχνικές για μικροβιακή φυλογενετική ανάλυση.
- Και οι δύο τεχνικές βασίζονται στον γενετικό πολυμορφισμό.
- Μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την ανίχνευση ανθρώπινων ασθενειών που προκαλούν μικροβιακά παθογόνα.
- Και οι δύο τεχνικές πρέπει να εκτελούνται από έμπειρους μοριακούς βιολόγους.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ MLVA και MLST;
Το MLVA είναι μια τεχνική που χρησιμοποιεί τον πολυμορφισμό διαδοχικά επαναλαμβανόμενων αλληλουχιών DNA για να χαρακτηρίσει μικροβιακά είδη. Εν τω μεταξύ, το MLST είναι μια τεχνική που χρησιμοποιεί τον πολυμορφισμό των αλληλουχιών DNA εσωτερικών θραυσμάτων πολλαπλών γονιδίων οικιακής φροντίδας για να χαρακτηρίσει μικροβιακά είδη. Έτσι, αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ MLVA και MLST. Επιπλέον, η μέθοδος MLVA είναι πιο επιλεκτική από τη μέθοδο MLST.
Το παρακάτω infographic παρουσιάζει τις διαφορές μεταξύ MLVA και MLST σε μορφή πίνακα για σύγκριση δίπλα-δίπλα.
Σύνοψη – MLVA vs MLST
Το MLVA και το MLST είναι δύο μοριακές βιολογικές τεχνικές που χρησιμοποιούνται στη μικροβιακή τυποποίηση. Το MLVA χρησιμοποιεί τον πολυμορφισμό διαδοχικά επαναλαμβανόμενων αλληλουχιών DNA για να χαρακτηρίσει μικροβιακά είδη, ενώ το MLST χρησιμοποιεί τον πολυμορφισμό αλληλουχιών DNA εσωτερικών θραυσμάτων πολλαπλών γονιδίων οικιακής χρήσης για να χαρακτηρίσει μικροβιακά είδη. Έτσι, αυτή είναι η βασική διαφορά μεταξύ MLVA και MLST.
