Η βασική διαφορά μεταξύ της ξυλενοκυανόλης και του μπλε βρωμοφαινόλης είναι ότι σε γέλη αγαρόζης 1%, η ξυλενοκυανόλη μεταναστεύει πιο αργά, ενώ το μπλε της βρωμοφαινόλης μεταναστεύει πιο γρήγορα.
Η ξυλενοκυανόλη και το μπλε βρωμοφαινόλης είναι σημαντικοί ως χρωματικοί δείκτες που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την παρακολούθηση της διαδικασίας ηλεκτροφόρησης γέλης αγαρόζης και ηλεκτροφόρησης γέλης πολυακρυλαμιδίου.
Τι είναι η ξυλενοκυανόλη;
Η Η ξυλενοκυανόλη είναι ένας ηλεκτροφορητικός χρωματικός δείκτης ή μια βαφή παρακολούθησης. Είναι χρήσιμο στην παρακολούθηση της διαδικασίας ηλεκτροφόρησης γέλης αγαρόζης και ηλεκτροφόρησης πηκτής πολυακρυλαμιδίου. Όταν αυτή η ουσία αναμιγνύεται με το δείγμα, η συγκέντρωση αυτής της ουσίας γίνεται συνήθως περίπου 0.005% έως 0,03%. Μερικά συνώνυμα που μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε για την ξυλενοκυανόλη είναι το Acid Blue 147, η ξυλενοκυανόλη, η ξυλενοκυανόλη FF, η ξυλενοκυανόλη FF, κ.λπ.
Ο χημικός τύπος αυτής της ένωσης είναι C25H27N2NaO 6S2 Η μοριακή μάζα της ξυλενοκυανόλης είναι 538,61 g/mol. Αυτή η ουσία μπορεί να μεταναστεύσει με ρυθμό περίπου 4 – 5 ζευγών κιλοβάσεων θραυσμάτων DNA σε πηκτώματα αγαρόζης 1%. Ωστόσο, αυτό εξαρτάται από το buffer που χρησιμοποιούμε. Τυπικά, η ξυλενοκυανόλη σε πήκτωμα πολυακρυλαμιδίου 6% μπορεί να μεταναστεύσει με ταχύτητα περίπου 140 ζευγών βάσεων θραυσμάτων DNA. Από την άλλη πλευρά, μπορεί να μεταναστεύσει σε ηλεκτροφόρηση 20% μετουσιωτικής γέλης πολυακρυλαμιδίου με ρυθμό ολιγονουκλεοτιδίου 25 βάσεων.
Ο αριθμός δότη δεσμού υδρογόνου της ξυλενοκυανόλης είναι 2 m και ο αριθμός αποδεκτών δεσμών υδρογόνου είναι 8. Ο αριθμός περιστρεφόμενων δεσμών αυτής της ένωσης μπορεί να δοθεί ως 7. Η πολυπλοκότητα της ξυλενοκυανόλης μπορεί να περιγραφεί ως 1120 μοίρες. Έχει καθορισμένο αριθμό στερεοκεντρικών δεσμών 1.
Τι είναι το μπλε βρωμοφαινόλη;
Το μπλε της βρωμοφαινόλης είναι ένας χρήσιμος δείκτης pH που είναι χρήσιμος ως ηλεκτροφορητικός χρωματικός δείκτης και ως βαφή. Έχει τη χημική ονομασία 3’, 3”, 5’, 5”-τετραβρωμοφαινολοσουλφονφθαλεΐνη, BPB. Ο χημικός τύπος αυτής της ένωσης είναι C19H10Br4O5 S. Η μοριακή μάζα αυτής της ένωσης είναι 669,96 g/mol. Είναι άοσμο και η πυκνότητά του μπορεί να δοθεί ως 2,2 g/mL. Το σημείο τήξεώς του είναι 273 βαθμοί Κελσίου και το σημείο βρασμού του είναι 279 βαθμοί Κελσίου. Μπορούμε να το παρασκευάσουμε προσθέτοντας αργά περίσσεια βρωμίου σε ένα ζεστό διάλυμα φαινολοσουλφονφθαλεΐνης σε παγόμορφο οξικό οξύ.
Το μπλε της βρωμοφαινόλης είναι χρήσιμο ως δείκτης οξέος-βάσης στην περιοχή μεταξύ pH 3,0 και 4,6. Μπορεί να αλλάξει από κίτρινο σε pH 3,0 σε pH 4,6. Επιπλέον, είναι μια αναστρέψιμη αντίδραση. Δομικά, το μπλε της βρωμοφαινόλης είναι παρόμοιο με τη φαινολοφθαλεΐνη.
Εξάλλου, μπορούμε να το χρησιμοποιήσουμε ως χρωματικό δείκτη για την παρακολούθηση της διαδικασίας ηλεκτροφόρησης γέλης αγαρόζης και ηλεκτροφόρησης γέλης πολυακρυλαμιδίου. Αυτή η ουσία μπορεί να φέρει αρνητικό φορτίο σε μέτριο pH, όπου μπορεί να μεταναστεύσει προς την ίδια κατεύθυνση με το DNA ή την πρωτεΐνη σε ένα πήκτωμα. Ο ρυθμός μετανάστευσης μπορεί να ποικίλλει ανάλογα με την πυκνότητα της γέλης και τη σύνθεση του ρυθμιστικού διαλύματος. Ωστόσο, σε ένα τυπικό πήκτωμα αγαρόζης 1% σε ρυθμιστικό διάλυμα TAE 1 φορά ή ρυθμιστικό TBE, αυτή η ουσία μεταναστεύει με τον ίδιο ρυθμό όπως ένα θραύσμα DNA περίπου 300 ζευγών βάσεων.
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ κυανόλης ξυλενίου και μπλε βρωμοφαινόλης;
Η ξυλενοκυανόλη και το μπλε βρωμοφαινόλης είναι σημαντικοί χρωματικοί δείκτες. Η βασική διαφορά μεταξύ της ξυλενοκυανόλης και του μπλε βρωμοφαινόλης είναι ότι σε γέλη αγαρόζης 1%, η ξυλενοκυανόλη μεταναστεύει πιο αργά, ενώ το μπλε της βρωμοφαινόλης μεταναστεύει πιο γρήγορα.
Ακολουθεί μια περίληψη της διαφοράς μεταξύ κυανόλης ξυλόλης και μπλε βρωμοφαινόλης σε μορφή πίνακα για σύγκριση δίπλα-δίπλα.
Σύνοψη – Κυανόλη ξυλενίου εναντίον Μπλε βρωμοφαινόλης
Η ξυλενοκυανόλη και το μπλε βρωμοφαινόλης είναι σημαντικοί ως χρωματικοί δείκτες που χρησιμοποιούνται στην παρακολούθηση της διαδικασίας ηλεκτροφόρησης γέλης αγαρόζης και ηλεκτροφόρησης γέλης πολυακρυλαμιδίου. Η βασική διαφορά μεταξύ της ξυλενοκυανόλης και του μπλε βρωμοφαινόλης είναι ότι σε γέλη αγαρόζης 1%, η ξυλενοκυανόλη μεταναστεύει πιο αργά ενώ το μπλε της βρωμοφαινόλης μεταναστεύει πιο γρήγορα.
